Bioinformàtica

Programari Master of Pores: Canalització Nextflow per a l'anàlisi de lectures directes de nanopores d'ARN (https://github.com/biocorecrg/master_of_pores) FA-nf (anotació funcional): Canalització NextFlow per a l'anotació funcional de proteïnes d'organismes no model basada en InterPro i Blast (https://github.com/guigolab/FA-nf) HiC-inspector: La captura de conformació d'alt rendiment (Hi-C) permet estudiar l'arquitectura tridimensional de genomes complets mitjançant la detecció d'interaccions cromosòmiques de llarg abast (https://github.com/HiC-inspector/HiC-inspector) Indrop-Flow: Canalització d'anàlisi d'Indrops basada en DropEST (https://github.com/biocorecrg/indrop) Procediments Mothur: Scripts de shell per al processament de dades de seqüenciació d'amplicons ITS (fongs) i 16S rRNA (bacteris) (MiSeq) a Mothur. ( https://github.com/biocorecrg/microbiome_procedures) TEQC: Paquet R per al control de qualitat d'experiments de captura de dianes (https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/TEQC.html) Assemblatge del transcriptoma: Canalització de Nextflow per a l'assemblatge i l'anotació del transcriptoma de novo basada en Trinity i Transdecoder (https://github.com/biocorecrg/transcriptome_assembly) & nbsp; Equipament en clúster Linux amb 3020 nuclis per a computació i més de 200 nodes i servidors de computació. Sistema de cues per lots Univa Grid Engine 87 nodes de càlcul amb 2 Intel Xeon E5-2680 20M Cache 8 nuclis a 2.70 GHz, 128 GB de memòria 56 nodes de càlcul amb 2 Intel Xeon E5530 4 nuclis a 2.40 GHz, 48 GB de memòria Node de càlcul d'alta memòria amb 2 processadors Intel Xeon E5-2699 v4 22 nuclis a 2.20 GHz, 1 TB de memòria Node de càlcul d'alta memòria: amb 8 processadors Intel Xeon E7450 6 nuclis a 2.40 GHz, 512 GB de memòria Node de càlcul d'alta memòria amb 4 processadors Intel Xeon E7540 6 nuclis a 2.00 GHz, 256 GB de memòria 60 nodes de càlcul heterogenis amb diferents especificacions de maquinari 4.5 PB d'emmagatzematge EMC-Isilon, DDN i Nexsan

GENÒMICA Assemblament de novo i basat en referències de genomes eucariotes i procariotes. Reseqüenciació del genoma i avaluació de la qualitat dels assemblatges del genoma. ChIP-seq (TF, modificacions d'histones): crida de pic, anàlisi d'unions diferencials entre grups de mostres, anotació de pics. Anàlisi de tot l'exoma i de tot el genoma: variants de crida, CNV. Identificació i anotació de variants estructurals d'ADN per a malalties humanes comunes i rares: anàlisi individual i familiar, mutacions en el gen conductor de càncer. Comparació del genoma. Anotació funcional del genoma: predicció de gens ab initio, anotació de gens, transcrits, motius d'ADN, promotors i altres elements reguladors de l'ADN. Anàlisi de 5C, Hi-C, ATAC-seq i altres dades d'alt rendiment. TRANSCRIPTÒMICA Assemblament nou i basat en referències de transcriptomes eucariotes i procariotes. Anotació funcional del transcriptoma: predicció de gens ab initio, anotació de gens, transcrits, motius d'ADN, promotors i altres elements reguladors. Crida de variants a partir de dades de seqüenciació del transcriptoma. Anàlisi de microarrays comercials i personalitzats: gens expressats de manera diferencial, comparació de grups. RNA-seq per a ARNm: descobriment de nous transcrits, gens/transcrits expressats de manera diferent. Anàlisi funcional de gens/transcrits expressats diferencialment: termes d'ontologia gènica, motius d'ADN i anàlisi d'enriquiment de vies. RNA-seq per a ARN petit no codificant: expressió diferencial, descobriment de nous microARN, predicció de dianes de microARN. Anàlisi de PCR en temps real d'OpenArray i altres dades experimentals d'alt rendiment. Identificació d'efectes per lots i visualització de dades i resultats: agrupació jeràrquica, mapes de calor, dendrogrames, gràfics de volcans, anàlisi dels components principals per a la (des)similitud global entre experiments. Seqüenciació basada en dianes d'ARN: RIP-seq, iCLIP, CLIP-seq i altres. Anàlisi de repertoris de limfòcits B i T (repertoris de receptors immunitaris adaptatius o AIRR) basats en dades de seqüenciació d'alt rendiment: assignació d'al·lels de línia germinal, identificació de clons, visualització de freqüències clonals. METAGENÒMICA Anàlisi d'amplicons (gens 16S rRNA), dades de seqüenciació del genoma complet i del transcriptoma. Identificació de comunitats microbianes, diversitat taxonòmica i abundància a nivell de gènere, família, ordre, classe, fílum. Conservació i abundància de mòduls funcionals de gens bacterians i vies bioquímiques. Estimació de la diversitat microbiana i la cobertura de seqüències. Predicció d'ORF i anotació funcional. Anàlisi filogenètica. Anàlisi comparativa de mostres: perfils microbians, termes d'ontologia genètica, anàlisi metabòlica i de vies. PROTEÒMICA ESTRUCTURAL I BIOINFORMÀTICA Predicció i anotació funcional de proteïnes. Anàlisi dels efectes dels SNP i altres variacions sobre l'estructura i la funció de les proteïnes. Alineació de múltiples seqüències. Assignació d'ortòlegs i paràlegs. Anàlisi filogenètica i construcció d'arbres. Comparació d'estructures de proteïnes i modelatge d'homologia 3D. Acoblament 3D proteïna-proteïna i d'unió a proteïnes. Predicció d'epítops de cèl·lules B i T. BASES DE DADES, LLOCS WEB I PROGRAMARI Tenim una àmplia experiència en el disseny, desenvolupament i suport dels següents recursos bioinformàtics (vegeu els nostres projectes relacionats aquí): Bases de dades: relacionals i NoSQL. Llocs web per a l'enviament, la cerca i l'anàlisi de dades. Eines web. LIMS (Sistemes de Gestió d'Informació de Laboratori) per a la gestió de les operacions de laboratori, el flux de dades i la comunicació amb usuaris i col·laboradors externs. Avaluació i avaluació comparativa de programari. Desenvolupament de programari: scripts bioinformàtics; canonades de processament i anàlisi de dades; aplicacions web bioinformàtiques integratives; navegadors de genomes personalitzats. Unitats NextFlow. Solucions d'integració de dades externes i internes. ALTRES Poseu-vos en contacte amb nosaltres si teniu cap problema bioinformàtic, fins i tot si no encaixa amb els que figuren als nostres serveis. Formant part de diverses comunitats i aliances bioinformàtiques, podem trobar la solució o experts en el camp. Entre els serveis personalitzats i addicionals que oferim hi ha els següents: Suport en el disseny i l'anàlisi d'experiments NGS personalitzats. Anàlisi i gràfics estadístics: scripts R, estadística descriptiva i inferida, prova d'hipòtesis, estimació de la mida de la mostra, PCA, agrupació, regressió lineal, correlació, ANOVA. Formació individual. Enviament de dades a GEO, ArrayExpress, SRA i altres repositoris de dades públics. Explotació de bases de dades i publicacions públiques i reanàlisi de dades publicades. Preparació de manuscrits: mètodes d'escriptura, resultats, interpretació i visualització de resultats. Beques: mètodes d'escriptura, metodologia de gestió i intercanvi de dades, disseny d'anàlisis experimentals i bioinformàtiques, obtenció de resultats preliminars, interpretació de resultats.

GINYS-CRG-006

Obert. Consulteu les condicions