Bioinformàtica

La unitat proporciona processament i anàlisi de dades per a microarrays de dades genòmiques, epigenòmiques i transcriptòmiques i seqüenciació d'alt rendiment. Microarrays. Panells SNV del genoma. QC, crida de variants. Agrupació de genotips personalitzats. Metilació de l'ADN de l'epigenoma (450K, EPIC) • QC, estandardització • Crida de metilació (valors beta/M) • Clúster • Metilació diferencial (DM/DMR) • Gen + Associació d'elements reguladors. Transcriptoma. Matrius d'expressió gènica • QC, normalització • Quantificació • Clúster • Expressió diferencial • Anàlisi de l'enriquiment del conjunt genètic. Matrius de microARN • QC, estandardització • Quantificació • Clúster • Expressió diferencial • Predicció de la diana • Correlació entre miRNA i gen. Seqüenciació d'alt rendiment. Genoma. Seqüenciació del genoma complet (WGS). Seqüenciació de l'exoma. QC, crida d'alineació. Variant de crida d'alineació. Epigenoma. ChIP-seq, ATAC-seq, DNAse-seq. QC, crida d'alineació. Unió diferencial. Anàlisi funcional. Seqüenciació de bisulfits del genoma complet (WGBS), anàlisi de representació reduïda. Seqüenciació de bisulfits (RRBS), QC, cartografia. Crida de metilació Variant de crida Anàlisi diferencial (segmentació DMR / metiloma) Anotació funcional Transcriptoma RNAseq (poli +/-, total) QC, cartografia • Quantificació Empalme alternatiu Clúster Expressió diferencial Anàlisi de l'enriquiment del conjunt genètic Altres serveis de consultoria Disseny experimental Assessorament estadístic Anàlisi de recomanacions i eines de flux de treball Formació Pràctiques Seminaris Tallers

GINYS-IJC-005

Obre