Espectrometria de masses i proteòmica

Orbitrap Eclipse (Thermo Scientific) (NOU 2021) La capacitat de la instal·lació es va reforçar significativament amb l'adquisició d'un espectròmetre de masses tríbrid de nova generació que inclou un quadrupol, una trampa d'ions lineal i un analitzador de masses Orbitrap. Aquest instrument permet múltiples tècniques de fragmentació (CID, HCD i ETD) durant qualsevol etapa de MSn, amb una anàlisi de masses posterior a la trampa d'ions o a l'analitzador de masses Orbitrap. L'instrument aprofita la combinació d'una font d'ions més brillant que els instruments Orbitrap anteriors, amb un tub de transferència de major capacitat i un embut d'ions electrodinàmic per a una major sensibilitat. Està proveït d'una guia de feix d'ions activa avançada per a una millor robustesa, un quadrupol segmentat i una transmissió d'ions i un rendiment ETD millorats. La tecnologia de buit avançada permet ajustar el buit a la cel·la IRM per millorar la transmissió d'ions i el senyal/ruixat (S/N) per a proteïnes intactes, així com per a la seva fragmentació. Aquest instrument s'utilitza en les aplicacions més desafiadores en proteòmica, tant en enfocaments Top-down com Bottom-up. S'utilitza acoblat a dos sistemes nanoLC depenent de l'enfocament MS: un sistema nanoLC Dionex Ultimate 3000 (Thermo) o un NanoAcquity UPLC de Waters. En ambdós casos s'utilitza una interfície nanoESI basada en xip (Advion Triversa Nanomate). Evosep One (Nou 2021) El cromatògraf Evosep One, que utilitzem acoblat a l'Orbitrap Eclipse, està dissenyat per poder treballar amb cromatografies ràpides i, per tant, proporciona un rendiment real i una anàlisi robusta, sent ideal per a aplicacions proteòmiques clíniques. Aquest nanoLC utilitza Evotips com a columnes de trampa d'un sol ús, on les mostres es carreguen i es dessalen fora de línia. L'automostrejador agafa la punta i integra l'elució amb la cromatografia líquida. Això elimina els passos de manipulació de mostres i redueix les despeses generals del cicle d'injecció. Es garanteix un desgast mínim dels components mecànics, ja que tota l'elució i la formació de gradients es produeixen a baixa pressió. L'Evotip es deixa per a la seva eliminació després de cada execució, cosa que permet una elució parcial per allargar la vida útil de la columna. Els pèptids importants analíticament es retenen de manera efectiva i es redueix la contaminació creuada. El sistema Evosep facilita l'anàlisi LC-MS/MS d'un gran nombre de mostres per poder dur a terme de manera eficient l'anàlisi de cohorts de mostres en aplicacions clíniques i translacionals. Orbitrap Fusion Lumos (Thermo Scientific) (2016) La capacitat de la instal·lació es va reforçar significativament amb l'adquisició el 2016 d'aquest espectròmetre de masses tríbrid que inclou un quadrupol, una trampa d'ions lineal i un analitzador de masses Orbitrap. Aquest instrument permet múltiples tècniques de fragmentació (CID, HCD i ETD) durant qualsevol etapa de MSn, amb una anàlisi de masses posterior a la trampa d'ions o a l'analitzador de masses Orbitrap. L'instrument aprofita la combinació d'una font d'ions més brillant que els instruments Orbitrap anteriors, amb un tub de transferència de major capacitat i un embut d'ions electrodinàmic per a una major sensibilitat. Està proveït d'una guia de feix d'ions activa avançada per a una millor robustesa, un quadrupol segmentat i una transmissió d'ions i un rendiment ETD millorats. La tecnologia de buit avançada permet ajustar el buit a la cel·la IRM per millorar la transmissió d'ions i la relació senyal-ruix de les proteïnes intactes, així com per a la seva fragmentació. Aquest instrument s'utilitza en les aplicacions més desafiadores en proteòmica, tant en enfocaments Top-down com Bottom-up. S'utilitza acoblat a dos sistemes nanoLC segons l'enfocament MS: un sistema nanoLC Dionex Ultimate 3000 (Thermo) o un NanoAcquity UPLC de Waters. En ambdós casos s'utilitza una interfície nanoESI basada en xip (Advion Triversa Nanomate). Sistema Synapt High Definition MS (Waters-Micromass) Sistema Synapt High Definition MS (Waters-Micromass) (2007). Instrument híbrid QTOF amb una cel·la Triwave incorporada. Aquest instrument permet combinar la MS en tàndem amb la mobilitat iònica, permetent així l'anàlisi de mostres diferenciades no només per la seva relació massa-càrrega, sinó també per la seva forma i mida. L'instrument s'utilitza per analitzar l'estructura macromolecular i la conformació de proteïnes intactes i per estudiar interaccions no covalents. Quan funciona en la seva configuració normal, l'instrument està connectat a una interfície nanoESI basada en un xip (Advion Triversa Nanomate). Premier XE LCT-Premier XE (Waters-Micromass) (2007). Espectròmetre de masses de temps de combat d'acceleració ortogonal ideal per a l'anàlisi de compostos d'alt pes molecular. Aquest instrument s'ha modificat per aconseguir condicions inertes dins de la font d'ionització, per tal de permetre experiments d'intercanvi H/D d'amides per a l'estudi de les propietats dinàmiques i estructurals de les proteïnes i els seus complexos. En la configuració estàndard, funciona acoblat a un dispositiu LC (UPLC Acquity, Waters), p. ex. anàlisi de proteïnes grans (mAbs). - Dispositius complementaris La instal·lació està equipada amb els següents dispositius complementaris, a més dels sistemes cromatogràfics ja esmentats: Un sistema Gelfree (electroforesi de captura de fraccions líquides eluïdes per gel) per a la separació de proteïnes: Sistema de fraccionament Gelfree 8100 (Protein Discovery Inc.) (2010)

Els serveis oferts inclouen anàlisi MS, MS/MS i MSn mitjançant tècniques d'ionització a pressió atmosfèrica (electroaspersió i nanoelectroaspersió) acoblades a LC, nanoLC o inyectors d'infusió. El centre té les següents línies d'expertesa: Anàlisi de proteïnes i pèptids Identificació/caracterització Anàlisi de proteïnes intactes Proteòmica d'alt rendiment, anàlisi PTM Proteòmica bottom-up Proteòmica top-down, proteòmica middle-down Anàlisi d'anticòs monoclonals (ADC) Proteòmica quantitativa Anàlisi d'expressió diferencial de proteïnes Estratègies sense marcatge (DDA, DIA) Estratègies de multiplexació (iTRAQ, TMT SPS MS3, SILAC) Anàlisi dirigida (PRM) Proteòmica estructural MS nativa, IM-MS, interaccions no covalents HDX-MS, MS de reticulació, MS de proteòlisi limitada MS d'afinitat (SAW-MS) Anàlisi de molècules petites Caracterització (sobre productes finals, massa exacta i MS/MS)

GINYS-IRB-004

Obre