Genòmica funcional

La plataforma de Genòmica Funcional permet als investigadors accedir a diferents tecnologies i protocols relacionats amb la genòmica funcional. Els serveis que ofereix van des de la gestió de mostres per a projectes de genòmica, com ara l'anàlisi quantitativa i qualitativa d'àcids nucleics, fins a estudis de perfils transcripcionals de panells de gens o del genoma complet, genotipificació de baixa o alta densitat, anàlisi de dosi gènica i seqüenciació gènica de regions del genoma (principalment panells de gens). Per dur a terme aquests estudis disposa de diverses plataformes, incloent-hi plataformes de PCR en temps real, quantificació digital, microarrays i seqüenciació massiva (NGS). A més d'aquests serveis, també ofereix assessorament sobre disseny experimental per a diversos estudis.

Blocs de contingut

Quality Control

  • Synergy2 (BioTek)

  • NanoDrop 1000 (Thermo Scientific)

  • Qubit Flex (Invitrogen)

  • Covaris S220 (Covaris)

Single Cell Analysis

Spatial Transcriptomics

Sequencing

  • MiSeq (Illumina)

Automation

  • Zephir G3 NGS iQ Workstation (Revvity)

Microarray Analysis

  • GeneChip Genetic Analysis System (Affymetrix)

Other Technologies

  • BioMark (Fluidigm)

Dades provisionals

Magda Pinyol | Platform Manager |  mpinyolm@recerca.clinic.cat  | 932275400 (2184) | ORCID |

NGS Area Manager

Anna Enjuanes |  enjuanes@recerca.clinic.cat  | ORCID

Transcriptòmics Area Manager

Helena Suárez |  hesuarez@recerca.clinic.cat  | ORCID

Lab techinicien

Montse Sánchez |  msreina@recerca.clinic.cat 

Laura Pla |  lpla@recerca.clinic.cat 

Platform Manager

Magda Pinyol |  mpinyolm@recerca.clinic.cat  | ORCID

Aina Rodríguez Vilarrupla, PhD | Director d'instal·lacions bàsiques |   aina.rodriguez@idibaps.org  |   ORCID 

Propietaris

Llista Centres CERCA

Equipament i Serveis

Consta de dues àrees: l'àrea de transcriptòmica i l'àrea de Seqüenciació de Nova Generació (NGS) i també ofereix serveis des del control de qualitat de l'ADN i l'ARN a través de plataformes com Synergy2, Nanodrop1000, Qubit 2.0 o TapeStation 4200 fins a tecnologies més complexes. En l'àrea de la transcriptòmica hi ha dues plataformes de matrius Affymetrix: GeneTitan, que permet fer transcrits de genoma complet o GWAS en format de placa (16, 24, 96 mostres) i la plataforma GeneChipSystem que permet treballar amb formats més petits i individuals i també analitzar perfils transcripcionals de genoma complet, anàlisi de dosis gèniques,... També està disponible la plataforma nCounter de Nanostring per analitzar perfils d'expressió gènica o dosis, una tecnologia que dóna molt bons resultats en mostres extretes de FFPE. També hi ha la plataforma qPCR, BioMark de Fluidigm, una PCR en temps real que permet l'anàlisi d'expressió, nombre de còpies i PCR digital. L'àrea de NGS disposa de la plataforma MiSeq, on es desenvolupen projectes de seqüenciació de panells de gens o microbiomes. Recentment s'ha incorporat un NextSeq 2000 per incorporar RNASeq, WES, anàlisi de panells de gens i protocols de microbiomes. També hi ha disponible un fragmentador, Covaris S220, per preparar mostres per a un processament posterior i un piromarcador, Pyromark Q24, per analitzar la presència d'un al·lel o l'estat de metilació. Finalment, hi ha un robot líquid, Biomek FX de Beckman, que té dos capçals, un per a 96 i l'altre per a 8 mostres per automatitzar diferents tecnologies. EQUIPAMENT Bioanalitzador Synergy2 NanoDrop 1000 Qubit 2.0 2100 (Agilent) TapeStation 4200 (Agilent) BioMark (Fluidigm) nCounter FLEX (Nanostring) Sistema GeneChip (Affymetrix) Sistema d'anàlisi genètica GeneTitan (Affymetrix) Robot líquid Biomek FX (Beckman) Plataforma d'anàlisi de microarrays (Agilent) PyroMark Q24 (QIAGEN) Covaris S220 MiSeq (Illumina) NextSeq 2000 (Illumina)

Quantificació d'àcids nucleics per absorbància (Nanodrop) o fluorimetria (Qubit) Anàlisi de la qualitat dels àcids nucleics i obtenció de dades RIN o DIN (Bioanalyzer 2100 i TapeStation 4200, Agilent) Anàlisi d'expressió i genotipatge per PCR de baixa densitat en temps real (BioMark, Fluidigm) PCR digital (BioMark, Fluidigm) Quantificació digital d'àcids nucleics (nCounter, Nanostring) Anàlisi d'expressió gènica (GE) i variacions en el nombre de còpies (CNV) mitjançant microarrays (GeneChip System, Affymetrix) Anàlisi d'expressió gènica d'alta densitat (GE) i genotipatge (GWAS) (GeneTitan, Affymetrix) CGH-Arrays (Agilent) Fragmentació d'àcids nucleics i cromatina (Covaris S220) Piroseqüenciació (PyroMark Q24, QIAGEN) Generació de biblioteques per NGS Seqüenciació de nova generació (MiSeq, Illumina)

Categorització

Dominis RIS3CAT

Dominis RIS3CAT
CERCA GINYS Categories

GINYS-IDIBAPS-002

Procediment d'accés i tarifes

Xarxes institucionals