Genòmica i bioinformàtica d'alt contingut

La instal·lació disposa de diverses estacions de treball informàtiques dedicades a l'anàlisi de dades i fa ús de la instal·lació de computació d'alt rendiment ubicada al centre de processament de dades de l'IGTP. A més de la nostra infraestructura interna de laboratori per dur a terme el control de qualitat de les mostres i la preparació per a assaigs d'anàlisi genòmica d'alt contingut, la unitat està coordinada amb instal·lacions de genòmica centralitzades com el CRG-CNAG. Plataforma de proves automatitzada Illumina Infinium Plataforma d'assaigs HiScan Illumina Infinium: utilitzada per a la genotipificació de SNP a nivell del genoma basat en anàlisis de matrius, còpies numèriques i LOH, i perfils de metilació de l'ADN. L'escàner de matriu HiScan (Illumina) és un escàner confocal amb una resolució espacial de 0,375 micres i dos làsers a longituds d'ona de 532 i 660 nm. Permet l'extracció d'imatges i dades per a assaigs de raigs de pèl Infinium per mesurar el senyal fluorescent de sondes que perfilen fins a 5.000.000 de posicions genòmiques per mostra simultàniament. El robot de manipulació de líquids Evo-150 (Tecan) està equipat amb 8 puntes fixes i està configurat per al processament automatitzat de mostres per a proves Illumina Infinium. Permet la manipulació paral·lela de fins a 384 mostres. Manipulació robòtica de líquids Robot de manipulació de líquids Sciclone NGS (PerkinElmer). Robot amb capçal de punta d'un sol ús de 96 i pinça de placa. Protocols per a l'execució automatitzada d'aplicacions de biologia molecular, especialment per a la seqüenciació de nova generació (NGS). Permet la manipulació paral·lela de fins a 96 mostres simultàniament. S'utilitza per a la preparació i quantificació de la biblioteca NGS i la configuració qPCR de plaques de 384 micropouets. Quantificació i cisallament d'àcids nucleics Qubit (Thermofisher): Fluòmetre de tub únic. S'utilitza per a la quantificació precisa d'àcids nucleics d'1 a 20 µl de mostra. Discrimina ADN i ARN monocatenaris. Ultrasonic S2 (Covaris). Processador mecànic ultrasònic basat en acústica enfocada adaptativa. S'utilitza per a la fragmentació de l'ADN genòmic i la cromatina, l'extracció d'àcids nucleics del teixit fixat en parafina. Processa una mostra a la vegada. Informàtica d'anàlisi de dades bioinformàtiques Estacions de treball HP xw8600, xw4600, Z600, Z440 (Hewlet Packard): Estacions de treball informàtiques d'alt rendiment amb sistema operatiu Linux. S'utilitza per a la informàtica local o l'accés remot a nodes centralitzats i sistemes d'emmagatzematge allotjats al centre de processament de dades de computació científica (HPC) de l'IGTP per a l'anàlisi bioinformàtica de dades genòmiques generades per matrius i NGS. Dell Precision T7500 (Dell) – PGM Ion Server: Servidor informàtic d'alt rendiment amb sistema operatiu Linux i programari Ion Torrent Suite per controlar l'execució i l'anàlisi de dades de seqüenciació Ion Torrent de nova generació. Anàlisi automatitzada d'àcids nucleics i selecció de mida Bioanalyzer 2100 (Agilent): Sistema automatitzat de nanoelectroforesi de xip microfluídic de laboratori. S'utilitza per a l'anàlisi de la integritat i l'avaluació de la mida de l'ADN i l'ARN, i per al perfil qualitatiu de l'ARN petit. Pot processar fins a 11-12 mostres per execució. Pippin Prep (SAGE): Sistema d'electroforesi en gel i elució automatitzada. S'utilitza per seleccionar la mida de les biblioteques d'ADN en biblioteques d'aplicacions de seqüenciació de nova generació. Permet la separació simultània de fins a 4 clústers de biblioteques per execució i evitar fraccions de mida predefinida mitjançant configuracions independents per clúster. Seqüenciació de nova generació Ion Torrent PGM (Personal Genome Machine, ThermoFisher) seqüenciador de nova generació: Instrument de seqüenciació massivament paral·lela basat en sensors de detecció de protons fluids miniaturitzats col·locats en microxips. Pot generar fins a 5.000.000 de lectures de seqüenciació de fins a 400 nt de longitud per rotlle a partir de fins a 384 mostres agrupades simultàniament. S'utilitza per a aplicacions de seqüenciació d'ARN i ADN en xips d'ions 314, 316 i 318. Abans de l'execució, es realitza l'amplificació clonal de les biblioteques de seqüenciació mitjançant PCR d'emulsió en el sistema de PCR d'emulsió automatitzada Ion Torrent One Touch2 (ThermoFisher), seguida de l'enriquiment de microesferes positives de plantilla mitjançant l'instrument de manipulació de líquids Ion Torrent ES (Enrichment System, ThermoFisher).

La unitat ofereix els seus serveis directament (en coordinació amb la Unitat de Genòmica Translacional de l'IGTP) o a través de proveïdors externs. Oferim suport integral des del disseny experimental fins a la interpretació dels resultats i oferim suport addicional per a l'externalització i l'externalització. Tenim experiència en moltes metodologies globals d'anàlisi de genomes, transcriptoma i epigenomes que permeten el descobriment de nous marcadors moleculars aplicables a moltes malalties. Els serveis que s'ofereixen actualment inclouen: consultoria, control de qualitat de mostres, processament de mostres per a la seqüenciació de nova generació (Illumina, Ion Torrent) i assaigs basats en microarrays (Illumina Infinium), automatització de la manipulació de líquids per a la preparació de mostres i configuració d'assaigs de PCR d'alt rendiment i anàlisi de dades bioinformàtiques. Aplicacions qPCR (proves automatitzades d'alt rendiment) Expressió gènica (ARNm, ARNnc, miARN) Genotipificació de SNP Quantificació de la biblioteca NGS Microarrays: Detecció de variants d'ADN (SNP, CNV) Metilació de l'ADN Expressió gènica (ARNm, ARNnc, miARN) Seqüenciació massivament paral·lela: Genomes (WGS) Exomes Panells específics (subxomes, punts calents, biòpsia líquida) Metagenomes (ARNr 16S, escopeta) Transcriptomes (seq. d'ARNm, seq. d'ARN total, seq. d'ARN petit) Seq. de ChIP Atenció a necessitats específiques Mostres especials (entrada baixa, parcialment degradades, FFPE, biofluids) Personalització d'assajos Automatització de proves Configuració d'anàlisi de dades per a noves aplicacions Suport bioinformàtic Disseny experimental Estimacions de la mida de la mostra Control de qualitat de les dades en brut (avaluació global, detecció d'efectes atípics i lots) Preparació de dades (reformatació, reanotació, curació de metadades) Anàlisi de dades de QPCR (correcció d'eficiència, selecció de normalitzadors, quantificació relativa) Preprocessament de dades de microarrays (correcció de fons, normalització) Preprocessament de dades NGS (desmultiplexació, adaptador i retall de qualitat de base) Mapeig de dades NGS al genoma de referència (eliminació de duplicats, anàlisi de cobertura, recompte de lectures per biotip, gen, regió, promotor, potenciador, segment cromosòmic) Assemblament NGS de novo (genoma complet, transcriptoma) Crida i anotació de variants de seqüència (SNV / indels en genomes, exomes, panells, transcriptomes) Anàlisi de localització cromosòmica (variacions estructurals, LOH, pic de cromatina, fusions gèniques, interaccions de cromatina) Anàlisi estadística diferencial (expressió, metilació, nombre de còpies) Anàlisi genòmica funcional (GO, via, unió de TF o miRNA, resistència, patogenicitat) Classificació i construcció de prediccions Anàlisi de supervivència Anàlisi d'inserció viral Anàlisi de formes d'ARN (empalmament, edició, iomiR) Anàlisi de la variació genètica (anàlisi d'associacions al llarg del genoma, tipificació microbiana, tipificació de quasiespècies virals, filogènia de brots epidèmics) Anàlisi metagenòmica (distribució de taxons, enriquiment de funcions metabòliques) Visualització de dades genòmiques (traces del navegador del genoma, gràfics) Ajuda per publicar i enviar dades a repositoris Ajuda per accedir a conjunts de dades protegits

GINYS-IGTP-006

Obre