Computació d'alt rendiment (HPC)

El centre de computació científica proporciona la infraestructura i les eines de programari que necessiten els investigadors (per exemple, bioinformàtics i bioestadístics). L'objectiu del centre és ajudar els investigadors amb les seves necessitats computacionals, permetent-los centrar-se en els reptes científics. Aquestes necessitats van des de l'assessorament sobre les millors pràctiques per a la computació científica, la instal·lació de programari, la configuració del servidor i fins i tot el disseny de solucions personalitzades per a determinades necessitats informàtiques. La plataforma s'actualitza contínuament amb les últimes tecnologies en emmagatzematge, virtualització, automatització i gestió de programari per oferir serveis d'última generació.

Blocs de contingut

Explorador de cel·les - Revity

  • Lector de plaques Envision de Perkin Elmer: compatible amb fluorescència, ultraluminescència, absorbància, HTRF i alfa

  • Echo 650 de Beckman Labcyte: dispensador acústic de nano-gotes de 2,5 nl

  • 2 dispensadors multidrop de Thermo

  • Incubadora de plaques automatitzada (44 plaques) amb control de temperatura, CO2 i humitat

  • Hotel de plats (63 plats); Segelladora i peladora

Echo 650 - Beckman Coulter

  • Echo 650 - Beckman Coulter

Dispensador multigota - Thermo

Dispensador multigota - Thermo

Estació de treball de laboratori robòtic Hamilton Vantage - Hamilton

  • Sistema de manipulació de líquids amb 384 i 8 capçals de pipeteig MagTip: funciona com a dispensador a granel de 200 nl a 10 ul i per a la selecció de líquids a granel.

  • Dianthus pico NANOTEMPER: lector de plaques 384 per a la interacció fàrmac-objectiu (TRIC i desplaçament espectral)

  • Q50: Congelador automàtic en atmosfera inert (735 plaques)

  • Hotel de plats (180 plats); Segelladora i peladora

Congelador automàtic Q50 - Hamilton

Congelador automàtic Q50 - Hamilton

Contactes institucionals / Cap de plataformes

DAVID IZQUIERDO
DAVID IZQUIERDOCap dels Serveis Científic-Tècnics
IGTP

Dades provisionals

Francisco Javier Perez Vicente | Administrador de sistemes científics |   hpc@igtp.cat  | 935 543 079

Francisco Javier Pérez Vicente

Carolina Gálvez Montón (Responsable) | Correu electrònic:   cgalvez@igtp.cat  | +34 935 543 050

Centres CERCA

Badalona, Spain

1995

IGTP

Propietaris

Llista Centres CERCA

Equipament i Serveis

El DC té un sistema de ventilació rotacional amb redundància integrada, també disposa d'un SAI capaç de mantenir el subministrament elèctric per a tots els servidors durant diversos minuts (més de 30) i múltiples línies d'alimentació per a cada rack. Com a protecció contra incendis, el CPD disposa d'un sistema automàtic d'extinció de gas trifluorometà. Clúster de càlcul 16 nodes de càlcul que donen un total de: 240 nuclis 2 Tb de RAM Tb d'emmagatzematge local (1 Tb/node) Format per tres tipus diferents de nodes: HP DL160 G6: 8 nuclis (Xeon E5640) i 64 GB de RAM (x8) Fujitsu RX200 S7: 12 nuclis (Xeon E5-2640) i 120 GB de RAM (x3) HP DL 360 G9: 28 nuclis (Xeon E5-2680 v4) i 256 GB de RAM (x5) Sistema d'emmagatzematge El sistema d'emmagatzematge principal és un Isilon (Dell/EMC) Gen 6 d'alta disponibilitat amb quatre nodes H400 i quatre nodes A200. Capacitat d'emmagatzematge útil de 450 Tb Sistema de snapshots disponible per als usuaris Sistema de snapshots accessibles per als usuaris El sistema proporciona un sistema de fitxers unificat per a tots els usuaris i disponible des dels nodes de càlcul o des de les estacions de treball, simplificant la feina dels investigadors. Còpia de seguretat/Recuperació de dades El sistema de còpia de seguretat/recuperació de dades està format per: Biblioteca HPE 4048 amb dues unitats LTO-7 i capacitat per a 48 cintes (768 Tbs de capacitat) Quantum Scalar i80 dues unitats LTO-5 amb capacitat per a 50 cintes Ambdues biblioteques estan gestionades pel programari de còpia de seguretat Bacula La biblioteca principal (HPE 4048) és per a còpies de seguretat de dades per a grups, màquines virtuals, bases de dades i dades emmagatzemades a llarg termini. La biblioteca secundària (Quantum Scalar i80) tracta còpies redundants de màquines virtuals i treball arxivat en cinta LTO-5. El sistema fa còpies de seguretat diàries de dades i amb una política de retenció de dades per defecte de 3 mesos. Les tasques de còpia de seguretat de l'arxivament es conserven indefinidament. Xarxa La xarxa de CC està formada per 3 commutadors d'1 Gb 3com 4210G i 3 commutadors de 10 Gb HPE 5700. Els commutadors i les connexions a les màquines estan configurats per a una alta disponibilitat. El sistema d'emmagatzematge Isilon, el sistema de còpia de seguretat principal i els nodes de càlcul DL 360 estan connectats a través de 10 GB, la resta del clúster utilitza 1 Gb amb interfícies agregades.

Manteniment i suport de les instal·lacions Assegurar que la infraestructura informàtica estigui en funcionament les 24 hores del dia, els 7 dies de la setmana Instal·lació i gestió del sistema operatiu (GNU/Linux) a totes les màquines de l'àrea de computació científica Instal·lació i gestió del sistema de clústers per a l'àrea de computació científica Instal·lació, manteniment i actualització de programari científic Gestió de la infraestructura de disc de l'àrea científica Gestió de la infraestructura de xarxa de l'equipament científic Gestió de la infraestructura de còpia de seguretat i estratègia de recuperació de dades Instal·lació i gestió de diversos servidors i serveis (inclosos, entre d'altres:) Gestió i instal·lació de servidors web i serveis privats i públics Instal·lació i gestió de bases de dades Serveis FTP(S) Sistema de control de versions intern (gitlab) Eines de monitorització per a l'ajust del rendiment i les alertes Sistema de cues (SGE) Seguretat del sistema (enduriment, auditoria, pegats) Assessorament a bioinformàtics en tasques computacionals Computació d'alt rendiment Assessorament i ajuda en el disseny de pipelines bioinformàtics Assessorament en la compra de maquinari per a bioinformàtica Accés obert al portal de bioinformàtica Accés obert a les eines desenvolupades per l'IGTP Eines Maplab (traçador de metilació, ontologia Alu, wanderer, Chainy, TrukeTCGA 450k trackhub) Islet Regulome Ferritina Alta SIRES

Categorització

Dominis RIS3CAT

Dominis RIS3CAT
CERCA GINYS Categories

GINYS-IGTP-003

Procediment d'accés i tarifes

Obre

Xarxes institucionals