Genòmica translacional

Seqüenciador personal MiSeq® (Illumina): dispositiu de seqüenciació massiva que pot generar fins a 20 Gb per execució, 20 milions de lectures a partir de 2 x 300 bp en un màxim de 384 mostres indexades. Utilitza tecnologia de seqüenciació de síntesi (SBS) i consisteix en l'amplificació, seqüenciació i anàlisi de dades en un instrument mitjançant el programari RTA v1.18.54.0 (Real-Time Analysis), MCS v2.6.1.1 (MiSeq Control Software), MSR. 2.6.2.3 (MiSeq Reporter) i emmagatzematge de dades al núvol (BaseSpace). Analitzadors genètics ABI Prism 3130 / 3130xl (Applied Biosystems): seqüenciadors amb 4-16 capil·lars per placa de 96 w o 383 w, càmera de detecció CCD i làser d'ions d'argó multilínia amb excitació primària a 488 i 514,5 nm. Adquisició de programari, recopilació de dades v3.1 i anàlisi de seqüenciació v5.4, GeneMapper v4.1 i SeqScape 2.7. 2200 TapeStation® (Agilent): Sistema d'electroforesi automàtica que analitza àcids nucleics (fragments o biblioteques d'ADN, ADN o ARN) o proteïnes en un suport capil·lar (ScreenTape) i escaneja imatges. Permet el càlcul de la mida dels àcids nucleics (en bp) i de les proteïnes (kDa), la quantificació i l'anàlisi de qualitat mitjançant el programari GeneTools amb un sistema de comparació de bandes simplificat integrat. Els sistemes utilitzen una mida de mostra molt petita (1-2 µL) i les lectures es poden fer en tubs individuals o plaques de 96 w. qPCR LightCycler®480 en temps real (Roche Diagnostics): Per a formats de placa intercanviable de 96 w i 384 w. Làmpada de xenó, emissions 430-630 nm, filtres amb excitació a 440, 465, 498, 533 i 618 nm i emissió a 488, 510, 580, 610, 640 i 660 nm que permeten la detecció dels fluorocroms més comuns (FAM, NED, ROX, SYBR, TAMRA i VIC). Programa LightCycler® 480 per a adquisició i anàlisi i programari de disseny de sondes LightCycler® 2.0. 1. NextSeqTM-1000: Equip de seqüenciació massiva que pot generar fins a 120 Gb per ús i 400 milions de lectures en 2 x 150 cicles. El sistema utilitza la seqüenciació de síntesi Illumina mitjançant tecnologia de síntesi (SBS) i pot analitzar els resultats localment, mitjançant connexió remota i amb el sistema d'anàlisi secundària DRAGEN bio-IT FPGA. MINion System (Oxford Nanopore): dispositiu de seqüenciació massiva basat en l'ús de nanoporus suspesos sobre una membrana que permet el pas d'àcids nucleics (ADN i ARN). Les bases s'identifiquen calculant els canvis en el corrent elèctric produït a la membrana. Es generen lectures molt llargues (> 4 Mb) i fins a 50 Gb de dades en execucions de 72 hores a 420 bases/segon. Apte per a genomes complets/exomes/metagenòmica, seqüenciació dirigida, transcriptoma complet (ADNc), transcriptoma petit (ADN directe) i estudis de metilació. Sistema QIAxcel avançat: aquest és un sistema d'electroforesi capil·lar automatitzat que separa fragments d'ADN i ARN en funció del pes molecular (fins a 96 mostres per rotlle). El programari d'anàlisi (programari BioCalculator™) pot generar tant electroferogrames com imatges de gel i pot determinar: mida i concentració de fragments d'ADN (de 15 bp a 15 Kb); b) proporció, concentració i qualitat de l'ARN total; c) qualitat de l'ARNc/ADNc i de l'ARN/ADN fragmentat. La preparació de la mostra és fàcil, ja que els capil·lars contenen el bromur d'etidi necessari per visualitzar els fragments. L'amplificació es fa en un termociclador convencional que admet una placa de 96 w utilitzant la química EvaGreen o basat en sondes d'hidròlisi. Els resultats de l'amplificació es llegeixen amb un lector de gotes QX200. Pot analitzar fins a 96 mostres i disposa d'un sistema de detecció de fluorescència òptica (fotó multipíxel) als canals FAM (EvaGreen) i HEX (alternativament VIC). El dispositiu té un rang de discriminació lineal de fins a 5 ordres de magnitud i una precisió de ± 10%. Sistema QX200™ Droplet Digital™ PCR: El sistema QX200 Droplet Digital PCR (ddPCR) és una combinació de tres dispositius: El generador de gotes QX200 divideix les mostres (20 µl) en 200 gotes mitjançant microfluídica i una emulsió d'oli, fins a un màxim de 8 mostres en 5 minuts. Estació robòtica EpMotion 5070: Un sistema robòtic de dispensació de líquids amb dues eines d'un i vuit canals que dispensen volums entre 1 i 50 µl. Podeu pipetejar volums d'1-2 µl amb o sense contacte. Té una precisió inferior al 2% hp a 1 µL. Té un sensor òptic per detectar i calcular automàticament el volum de líquid, material de laboratori i puntes. És compatible amb tubs (de 0,2 ml a 50 ml) i microplaques de fins a 384 pous.

Servei d'Anàlisi Genètica La plataforma de genòmica permet l'estudi de la genètica dels organismes mitjançant l'ús de diverses tècniques: Seqüenciació profunda (NGS) Aquesta consisteix en la preparació de biblioteques i el posterior alt rendiment de seqüenciació profunda de la regió d'interès. La possibilitat de fer múltiples lectures fa que es detectin tipus clonals rars, cèl·lules o microbis que representen només l'1% de la mostra original. Les biblioteques es desenvolupen mitjançant diferents enfocaments, tots destinats a obtenir fragments de la mida adequada als quals s'han adjuntat codis de barres (identificadors a cada mostra) i els adaptadors per llegir-los. Aplicacions: Aquesta tecnologia és aplicable a: ADN genòmic (del qual genoma, exoma) Fragments d'ADN enriquits Genomes complets simples Perfils metagenòmics (16 anys o altres) ARN (transcriptòmic, perfil d'ARN) ARN petits / miARN Cromatina immunoprecipitada (Chip-Seq.) Etc. La seqüenciació es realitza en un seqüenciador personal MiSeq® (Illumina), un NextSeq-1000 (Illumina) i un seqüenciador MinION (Oxford Nanopore). Electroforesi capil·lar per a seqüenciació: Són l'estàndard d'or per al diagnòstic genètic quan s'han d'analitzar regions específiques del genoma. Permeten tant la seqüenciació de Sanger com l'anàlisi de fragments de gens (genescan). Les aplicacions més comunes són: seqüenciació d'ADN de novo; detecció de mutacions; estudis de discriminació d'al·lels (SNPS); anàlisi de perfils de metilació gènica en illes CpG d'ADN (MSP); anàlisi del nombre variable de còpies gèniques (CNV); anàlisi de microsatèl·lits (STR, VNTR); PCR de binding i amplificació de sondes dependents de lligands multiplex (MPLA). Això es fa mitjançant les proves genètiques ABI 3130 i ABI 3130xl (Applied Biosystems). Electroforesi capil·lar per a l'anàlisi de la qualitat dels àcids nucleics Per estudiar la qualitat dels àcids nucleics disposem d'un bioanalitzador TapeStation 2200 (Agilent) i un sistema avançat QIAxcel (Izasa). Tots dos són sistemes automatitzats per a l'anàlisi quantitativa i qualitativa d'àcids nucleics basats en electroforesi capil·lar. Les aplicacions que s'ofereixen són: anàlisi de quantitat/qualitat d'ADN (inclòs el número d'integritat de l'ADN (DIN), fragments d'ADN (150-5.000 bp) i anàlisi d'ARN en format estàndard o d'alta sensibilitat (inclòs el número d'integritat de l'ARN (RIN)). Amplificació d'àcids nucleics. PCR en temps real, basada en el seguiment de la fluorescència emesa durant la reacció d'amplificació en cada cicle simultàniament en totes les mostres. Permet la determinació de les quantitats d'ADN, ARN o MiRNAs presents a la mostra original (qPCR) o la identificació qualitativa d'ADN específic (genotipificació). Les principals aplicacions són: quantificació absoluta/relativa de perfils d'expressió gènica diferencial; estudis de discriminació al·lel (SNPS); anàlisi de perfils de metilació gènica en illes CpG de l'ADN (MSP); anàlisi de nombre variable de còpies gèniques en ADN genòmic o viral (CNV), quantificació de la dosi gènica (QF-PCR per detectar aneuploïdies); fusió d'alta resolució (HRM) per a l'escaneig de gens. La PCR digital per gotes (ddPCR) és una tecnologia que fragmenta cada mostra en més de 20.000 gotes. embolicats individualment en una capa d'oli, dins de la qual té lloc la reacció de la polimerasa. Es pot realitzar alternant amb sondes bicatenàries o fluorescents marcades i proporciona una quantificació absoluta i ultrasensible d'àcids nucleics. És especialment útil per quantificar fragments de gens de baixa abundància, variants al·lèliques (SNP), virus i bacteris poc representats en la mescla heterogènia. Etc. Serveis complementaris Quantificació fluoromètrica amb un fluòmetre Quantus™ (Promega). Un fluoròmetre de dos canals optimitzat per mesurar àcids nucleics (ARN i ADN) abans i després de la generació de biblioteques de seqüenciació Dispensació robòtica de líquids mitjançant una estació EpMotion 5070 (Eppendorf). Això pot preparar dilucions seriades, assaigs de PCR, transferir mostres de tub a plaques (96 w i 384 w), reformatar plaques, etc. També hi ha serveis de consultoria sobre disseny experimental, preparació de mostres i anàlisi de resultats i interpretació global de dades.

GINYS-IGTP-001

Obre