2022-10-003 - scFlea-Chip - scFLEA-ChIP: perfilado epigenómico con resolución de célula única

scFlea-Chip

2022-10-003

Tecnología sin precedentes, eficiente, reproducible, sensible y asequible para la creación de perfiles epigenéticos de células individuales. Enfoque asequible y completo que no requiere el uso de dispositivos específicos.

Social: Salud y Seguridad

Las tecnologías de secuenciación de células individuales (ChIP) han surgido como un logro tecnológico innovador para abordar cuestiones fundamentales de biología celular, que actualmente no pueden abordarse con enfoques de secuenciación masiva. La implementación de tecnologías de secuenciación por resolución de células individuales, como RNA-Seq y ATAC-Seq, para las que ya se ha informado de su relevancia clínica, sirve para ejemplificar el potencial revolucionario de las metodologías epigenéticas de baja aplicación como scFLEA-ChIP. Por tanto, scFLEA-ChIP tiene el potencial de convertirse en una herramienta de referencia para la identificación de firmas epigenéticas a nivel de célula individual, algo que todavía no se ha conseguido en el campo de la genómica. El conocimiento derivado de la implementación de scFLEA-ChIP ayudará a elucidar la heterogeneidad celular dentro de tejidos/individuos sanos y enfermos, así como diseñar finalmente terapias específicas para dificultar la progresión de la enfermedad.

Falta de herramientas de alta resolución para perfilar epigenéticamente escasas y/o degradadas muestras para obtener paneles de biomarcadores epigenéticos para el diagnóstico, el pronóstico y el seguimiento de enfermedades: las tecnologías unicelulares han surgido como un recurso extraordinario para proporcionar información sobre la composición celular de los tejidos y órganos y cómo las diferentes poblaciones. Para la mayoría de los enfoques genómicos, como por ejemplo el estudio del transcriptoma a resolución unicelular, actualmente existen protocolos comerciales bien establecidos disponibles y ampliamente utilizados. Sin embargo, el estudio del epigenoma a nivel unicelular es todavía una cuestión abierta. En particular, en el caso de las interacciones proteína-ADN, no existen soluciones de secuenciación por inmunoprecipitación de cromatina unicelular (scChIP-Seq) que eviten la actual carencia de enfoques eficientes y reproducibles para muestras de input ultra bajo.

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Licencias a empresas epigenéticas

Hasta la fecha, no existe ninguna solución comercial disponible para identificar interacciones proteína-ADN con resolución unicelular. A pesar de varios intentos de obtener perfiles epigenéticos a nivel unicelular mediante scChIP-seq o métodos alternativos, ninguno de ellos ha sido adoptado por la comunidad científica debido a su falta de reproducibilidad y escalabilidad.

Laboratorios de investigación (a través de empresas epigenéticas)

El proyecto no busca fondos en esta etapa, sino socios para la validación clínica con muestras humanas (individuos sanos y enfermos), así como pruebas beta en diferentes escenarios patológicos.

1. Colaboraciones con la industria; 2. Probadores beta académicos; 3. Licenciatarios (empresas epigenéticas)

1. Clinical PoC (technology validation in different settings); 2. IP protection (Priority Patent Filing); 3. Licensing

scFLEA-ChIP es una tecnología altamente reproducible, sensible, asequible y escalable para perfilar interacciones proteína-ADN a partir de muestras degradadas o de bajo aporte y con resolución de célula única.

Dificultad de la protección de la propiedad intelectual derivada de la naturaleza de la metodología

2023: Validación de tecnología con muestras clínicas humanas (colaboraciones con la industria y el mundo académico en diferentes entornos)/2024: Protección de la propiedad intelectual (solicitud de patente prioritaria)/2025 en adelante: Licencias a empresas epigenéticas

PI en examen para presentación prioritaria

Recently, en European Priority Patent has filed para protect la FLEA-ChIP technology. El principal foco es novedoso validando la tecnología en clínicamente relevantes en colaboración con industria y académica partners y ampliación de la aplicación. El científico FLEAChIP team ha establecido sus partners con el compañero Oryzon Genomics desde el framework del Proyecto en Colaboración Público Privada DICTIONIS.

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scFLEA-ChIP se transformará finalmente en un kit comercial, con una primera aplicación exclusivamente para investigación, seguida de una etapa de desarrollo de herramientas de diagnóstico. Esto posicionará al ChIP de células individuales entre otras tecnologías de células individuales que actualmente impactan la investigación y la práctica clínica, proporcionando una comprensión sin precedentes de las interacciones proteína-ADN en el desarrollo y la enfermedad.