Bioinformática

Software Master of Pores: pipeline de Nextflow para análisis de lecturas directas de ARN Nanopore (https://github.com/biocorecrg/master_of_pores) FA-nf (anotación funcional): pipeline de NextFlow para anotación funcional de proteínas de organismos no modelo basada en InterPro y Blast (https://github.com/guigolab/FA-nf) HiC-inspector: la captura de conformación de alto rendimiento (Hi-C) permite estudiar la arquitectura tridimensional de genomas completos mediante la detección de interacciones cromosómicas de largo alcance (https://github.com/HiC-inspector / HiC-inspector) Indrop-Flow: pipeline de análisis de Indrops basado en DropEST (https://github.com/biocorecrg/indrop) Procedimientos Mothur: scripts de Shell para procesar datos de secuenciación de amplicones ITS (hongos) y ARNr 16S (bacterias) (MiSeq) en mothur. (< a class="external free" href="https://github.com/biocorecrg/microbiome_procedures" rel="nofollow">https://github.com/biocorecrg/microbiome_procedures) TEQC: Paquete R para el control de calidad de experimentos de captura de objetivos (https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/TEQC.html) Ensamblaje del transcriptoma: Pipeline de Nextflow para ensamblaje y anotación de transcriptomas de novo basado en Trinity y Transdecoder (https://github.com/biocorecrg/transcriptome_assembly) Equipamiento Cluster Linux con 3020 núcleos para computación y más de 200 nodos de cómputo y servidores. Sistema de colas de lotes Univa Grid Engine 87 nodos de cómputo con 2 procesadores Intel Xeon E5-2680 de 20 M de caché, 8 núcleos a 2,70 Ghz, 128 GB de memoria 56 nodos de cómputo con 2 procesadores Intel Xeon E5530 de 4 núcleos a 2,40 GHz, 48 GB de memoria Nodo de cómputo de alta memoria con 2 procesadores Intel Xeon E5-2699 v4 de 22 núcleos a 2,20 GHz, 1 TB de memoria Nodo de cómputo de alta memoria: con 8 procesadores Intel Xeon E7450 de 6 núcleos a 2,40 GHz, 512 GB de memoria Nodo de cómputo de alta memoria con 4 procesadores Intel Xeon E7540 de 6 núcleos a 2,00 GHz, 256 GB de memoria 60 nodos de cómputo heterogéneos con diferentes especificaciones de hardware 4,5 PB de almacenamiento EMC-Isilon, DDN y Nexsan

GENÓMICA Ensamblaje de novo y basado en referencia de genomas eucariotas y procariotas. Resecuenciación genómica y evaluación de la calidad de ensambles genómicos. ChIP-seq (TF, modificaciones de histonas): llamada de pico, análisis de unión diferencial entre grupos de muestra, anotación de pico. Análisis de todo el exoma y todo el genoma: variantes de llamada, CNV. Identificación y anotación de variantes estructurales de ADN para enfermedades humanas comunes y raras: análisis individual y familiar, mutaciones en el gen conductor del cáncer. Comparación de genomas. Anotación funcional del genoma: predicción de genes ab initio, anotación de genes, transcripciones, motivos de ADN, promotores y otros elementos reguladores del ADN. Análisis de 5C, Hi-C, ATAC-seq y otros datos de alto rendimiento. TRANSCRIPTOMÍA Ensamblaje nuevo y basado en referencia de transcriptomas eucariotas y procariotas. Anotación funcional del transcriptoma: predicción génica ab initio, anotación génica, transcripciones, motivos de ADN, promotores y otros elementos reguladores. Identificación de variantes a partir de datos de secuenciación del transcriptoma. Análisis de microarrays comerciales y personalizados: genes expresados de forma diferencial, comparación de grupos. RNA-seq para ARNm: descubrimiento de nuevos transcritos, genes/transcripciones expresados de forma diferente. Análisis funcional de genes/transcripciones expresados diferencialmente: términos de ontología génica, motivos de ADN y análisis de enriquecimiento de vías. RNA-seq para ARN pequeño no codificante: expresión diferencial, descubrimiento de nuevos microARN, predicción de dianas de microARN. Análisis de PCR en tiempo real de OpenArray y otros datos experimentales de alto rendimiento. Identificación de efectos de lote y visualización de datos y resultados: agrupamiento jerárquico, mapas de calor, dendrogramas, gráficos de volcanes, análisis de componentes principales para la (dis)similitud global entre experimentos. Secuenciación basada en dianas de ARN: RIP-seq, iCLIP, CLIP-seq y otros. Análisis de repertorios de células B y T (repertorios de receptores inmunitarios adaptativos o AIRR) basados en datos de secuenciación de alto rendimiento: asignación de alelos de línea germinal, identificación de clones, visualización de frecuencias clonales. METAGENÓMICA Análisis de amplicones (genes de ARNr 16S), datos de secuenciación del genoma completo y del transcriptoma. Identificación de comunidades microbianas, diversidad taxonómica y abundancia a niveles de género, familia, orden, clase y filo. Conservación y abundancia de módulos funcionales de genes bacterianos y vías bioquímicas. Estimación de diversidad microbiana y cobertura de secuencias. Predicción de ORF y anotación funcional. Análisis filogenético. Análisis comparativo de muestras: perfiles microbianos, términos de ontología genética, análisis metabólico y de vías. PROTEÓMICA ESTRUCTURAL Y BIOINFORMÁTICA Predicción y anotación funcional de proteínas. Análisis de los efectos de SNP y otras variaciones en la estructura y función de proteínas. Alineamiento de secuencias múltiples. Asignación de ortólogos y parálogos. Análisis filogenético y construcción de árboles. Comparación de la estructura de proteínas y modelado de homología 3D. Acoplamiento 3D proteína-proteína y unión a proteína. Predicción de epítopos de células B y T. BASES DE DATOS, SITIOS WEB Y SOFTWARE Tenemos amplia experiencia en el diseño, desarrollo y soporte de los siguientes recursos bioinformáticos (vea nuestros proyectos relacionados aquí): Bases de datos: relacionales y NoSQL. Sitios web para enviar, buscar y analizar datos. Herramientas web. LIMS (Sistema de Gestión de Información de Laboratorio) para gestionar las operaciones de laboratorio, el flujo de datos y la comunicación con usuarios externos y colaboradores. Evaluación y benchmarking de software. Desarrollo de software: scripts bioinformáticos; tuberías de procesamiento y análisis de datos; aplicaciones web bioinformáticas integradoras; navegadores genómicos personalizados. Unidades NextFlow. Soluciones de integración de datos externos e internos. OTROS Por favor, póngase en contacto con nosotros con cualquier problema bioinformático que pueda tener, incluso si no se ajusta a los enumerados en nuestros servicios. Al ser parte de varias comunidades y alianzas bioinformáticas, podemos encontrar la solución o expertos en el campo. Entre los servicios personalizados y adicionales que ofrecemos se encuentran los siguientes: Apoyo en el diseño y análisis de experimentos NGS personalizados. Análisis y gráficos estadísticos: scripts de R, estadística descriptiva e inferida, contraste de hipótesis, estimación del tamaño muestral, PCA, agrupamiento, regresión lineal, correlación, ANOVA. Formación individualizada. Envío de datos a GEO, ArrayExpress, SRA y otros repositorios de datos públicos. Explotación de bases de datos y publicaciones públicas y reanalización de datos publicados. Preparación de manuscritos: métodos de redacción, resultados, interpretación y visualización de resultados. Becas: métodos de redacción, gestión de datos e intercambio de metodología, diseño de análisis experimentales y bioinformáticos, obtención de resultados preliminares e interpretación de resultados.

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