Computación de alto rendimiento (HPC)

El centro de computación científica proporciona la infraestructura y las herramientas de software que necesitan los investigadores (por ejemplo, bioinformáticos y bioestadísticos). El objetivo del centro es ayudar a los investigadores con sus necesidades computacionales, permitiéndoles centrarse en los retos científicos. Estas necesidades abarcan desde asesoramiento sobre las mejores prácticas para la computación científica, la instalación de software, la configuración de servidores e incluso el diseño de soluciones personalizadas para ciertas necesidades informáticas. La plataforma se actualiza continuamente con las últimas tecnologías en almacenamiento, virtualización, automatización y gestión de software para ofrecer servicios de vanguardia.

Bloques de contenido

Explorador de células - Revity

  • Lector de placas Envision de Perkin Elmer: compatible con fluorescencia, ultraluminiscencia, absorbancia, HTRF y alfa

  • Echo 650 de Beckman Labcyte: dispensador acústico de nanogotas de 2,5 nl

  • 2 dispensadores Multidrop de Thermo

  • Incubadora de placas automatizada (44 placas) con control de temperatura, CO2 y humedad.

  • Hotel de placas (63 placas); Sellador y pelador

Echo 650 - Beckman Coulter

  • Echo 650 - Beckman Coulter

Dispensador Multidrop - Thermo

Dispensador Multidrop - Thermo

Estación de trabajo robótica de laboratorio Hamilton Vantage - Hamilton

  • Sistema de manejo de líquidos con 384 y 8 cabezales de pipeteo MagTip: funciona como dispensador a granel desde 200 nl hasta 10 ul y para picking selectivo

  • Dianthus pico NANOTEMPER: Lector de placas de 384 para interacción fármaco-diana (TRIC y desplazamiento espectral)

  • Q50: Congelador automático en atmósfera inerte (735 placas)

  • Hotel de placas (180 placas); Sellador y pelador

Congelador automático Q50 - Hamilton

Congelador automático Q50 - Hamilton

Contactos Institucionales / Responsable de Plataformas

DAVID IZQUIERDO
DAVID IZQUIERDOCap dels Serveis Científic-Tècnics
IGTP

Contactos temporales

Francisco Javier Pérez Vicente | Administrador de Sistemas Científicos |   hpc@igtp.cat  | 935 543 079

Francisco Javier Pérez Vicente

Carolina Gálvez Montón (Responsable) | Correo electrónico:   cgalvez@igtp.cat  | +34 935 543 050

Centros CERCA

Badalona, Spain

1995

IGTP

Propietarios

Lista Centros CERCA

Equipos y Servicios

El centro de distribución cuenta con un sistema de ventilación rotativa con redundancia integrada, además de un SAI capaz de mantener el suministro eléctrico a todos los servidores durante varios minutos (más de 30) y múltiples líneas de alimentación para cada rack. Como medida de protección contra incendios, el CPD cuenta con un sistema automático de extinción de incendios por gas trifluorometano. Clúster de cálculo 16 nodos de cálculo que dan un total de: 240 Núcleos 2 Tb RAM 1 Tb de almacenamiento local (1Tb/nodo) Formado por tres tipos de nodos diferentes: HP DL160 G6: 8 Núcleos (Xeon E5640) y 64 GB RAM (x8) Fujitsu RX200 S7: 12 Núcleos (Xeon E5-2640) y 120 GB RAM (x3) HP DL 360 G9: 28 Núcleos (Xeon E5-2680 v4) y 256 GB RAM (x5) Sistema de almacenamiento El sistema de almacenamiento principal es un Isilon (Dell/EMC) Gen 6 de alta disponibilidad con cuatro nodos H400 y cuatro nodos A200. Capacidad de almacenamiento utilizable 450Tb Sistema de instantáneas disponible para los usuarios Sistema de instantáneas accesibles para los usuarios El sistema proporciona un sistema de archivos unificado para todos los usuarios y está disponible desde los nodos de cómputo o desde las estaciones de trabajo, lo que simplifica el trabajo de los investigadores. Copia de seguridad/Recuperación de datos El sistema de copia de seguridad/recuperación de datos está compuesto por: Librería HPE 4048 con dos unidades LTO-7 y capacidad para 48 cintas (capacidad de 768 Tbs) Quantum Scalar i80 dos unidades LTO-5 con capacidad para 50 cintas Ambas librerías están administradas por el software de copia de seguridad Bacula La librería principal (HPE 4048) es para copias de seguridad de datos para grupos, máquinas virtuales, bases de datos y datos almacenados a largo plazo. La librería secundaria (Quantum Scalar i80) se ocupa de copias redundantes de máquinas virtuales y trabajos archivados en cinta LTO-5. El sistema realiza copias de seguridad diarias de los datos y con una política de retención de datos predeterminada de 3 meses. Los trabajos de copia de seguridad de archivo se mantienen indefinidamente. Red: La red del centro de datos está compuesta por tres switches 3com 4210G de 1 GB y tres switches HPE 5700 de 10 GB. Los switches y las conexiones a las máquinas están configurados para alta disponibilidad. El sistema de almacenamiento Isilon, el sistema de respaldo principal y los nodos de cómputo DL 360 están conectados a través de 10 GB; el resto del clúster utiliza 1 GB con interfaces agregadas.

Mantenimiento y soporte de las instalaciones Garantizar que la infraestructura informática esté funcionando 24/7 Instalación y gestión del sistema operativo (GNU/Linux) en todas las máquinas del área de computación científica Instalación y gestión del sistema de cluster para el área de computación científica Instalación, mantenimiento y actualización de software científico Gestión de la infraestructura de discos del área científica Gestión de la infraestructura de red del equipo científico Gestión de la infraestructura de backup y estrategia de recuperación de datos Instalación y gestión de diversos servidores y servicios (incluidos, entre otros:) Gestión e instalación de servidores web privados y públicos y servicios Instalación y gestión de bases de datos Servicios FTP(S) Sistema de control de versiones interno (gitlab) Herramientas de monitorización para ajuste de rendimiento y alertas Sistema de colas (SGE) Seguridad del sistema (endurecimiento, auditoría, parcheo) Asesoramiento a bioinformáticos en tareas computacionales Computación de alto rendimiento Asesorar y ayudar a diseñar pipelines bioinformáticos Asesoramiento en compra de hardware para bioinformática Acceso abierto al Portal de Bioinformática Acceso abierto a herramientas desarrolladas por el IGTP Herramientas Maplab (trazador de metilación, ontología Alu, Wanderer, Chainy, TrukeTCGA 450k trackhub) Islet Regulome Alta ferritina TOROS

Categorización

Dominios RIS3CAT y otros

Dominios RIS3CAT
Categorías de CERCA GINYS

GINYS-IGTP-003

Procedimiento de acceso y tarifas

Abierto

Redes institucionales