Genómica funcional

La plataforma de Genómica Funcional permite a los investigadores acceder a diferentes tecnologías y protocolos relacionados con la genómica funcional. Sus servicios abarcan desde la gestión de muestras para proyectos genómicos, como el análisis cuantitativo y cualitativo de ácidos nucleicos, hasta estudios de perfiles transcripcionales de paneles génicos o del genoma completo, genotipado de baja o alta densidad, análisis de dosis génica y secuenciación génica de regiones genómicas (principalmente paneles génicos). Para realizar estos estudios, cuenta con diversas plataformas, como PCR en tiempo real, cuantificación digital, microarrays y secuenciación masiva (NGS). Además de estos servicios, también ofrece asesoramiento sobre diseño experimental para diversos estudios.

Bloques de contenido

Quality Control

  • Synergy2 (BioTek)

  • NanoDrop 1000 (Thermo Scientific)

  • Qubit Flex (Invitrogen)

  • Covaris S220 (Covaris)

Single Cell Analysis

Spatial Transcriptomics

Sequencing

  • MiSeq (Illumina)

Automation

  • Zephir G3 NGS iQ Workstation (Revvity)

Microarray Analysis

  • GeneChip Genetic Analysis System (Affymetrix)

Other Technologies

  • BioMark (Fluidigm)

Contactos Institucionales / Responsable de Plataformas

Contactos temporales

Magda Pinyol | Platform Manager |  mpinyolm@recerca.clinic.cat  | 932275400 (2184) | ORCID |

NGS Area Manager

Anna Enjuanes |  enjuanes@recerca.clinic.cat  | ORCID

Transcriptòmics Area Manager

Helena Suárez |  hesuarez@recerca.clinic.cat  | ORCID

Lab techinicien

Montse Sánchez |  msreina@recerca.clinic.cat 

Laura Pla |  lpla@recerca.clinic.cat 

Platform Manager

Magda Pinyol |  mpinyolm@recerca.clinic.cat  | ORCID

Dra. Aina Rodríguez Vilarrupla | Director de Instalaciones Centrales |   aina.rodriguez@idibaps.org  |   ORCID 

Propietarios

Lista Centros CERCA

Equipos y Servicios

Consta de dos áreas: transcriptómica y secuenciación de nueva generación (NGS), y ofrece servicios que van desde el control de calidad de ADN y ARN mediante plataformas como Synergy2, Nanodrop1000, Qubit 2.0 o TapeStation 4200 hasta tecnologías más complejas. En el área de transcriptómica, existen dos plataformas de arrays de Affymetrix: GeneTitan, que permite realizar transcritos de genoma completo o GWAS en formato de placa (16, 24 y 96 muestras), y la plataforma GeneChipSystem, que permite trabajar con formatos más pequeños e individuales, además de analizar perfiles transcripcionales de genoma completo y análisis de dosis génica. También está disponible la plataforma nCounter de Nanostring para el análisis de expresión génica o perfiles de dosis, una tecnología que ofrece muy buenos resultados en muestras extraídas de FFPE. También existe la plataforma qPCR, BioMark de Fluidigm, una PCR en tiempo real que permite el análisis de expresión, número de copias y PCR digital. El área de NGS cuenta con la plataforma MiSeq, donde se desarrollan proyectos de secuenciación de paneles de genes o microbiomas. Recientemente se ha incorporado un NextSeq 2000 para integrar RNASeq, WES, análisis de paneles de genes y protocolos de microbioma. También se dispone de un fragmentador, Covaris S220, para preparar muestras para su posterior procesamiento, y un piromarcador, Pyromark Q24, para analizar la presencia de un alelo o el estado de metilación. Finalmente, se dispone de un robot de líquidos, Biomek FX de Beckman, con dos cabezales, uno para 96 ​​y otro para 8 muestras, para automatizar diferentes tecnologías. EQUIPO Synergy2 NanoDrop 1000 Qubit 2.0 Bioanalyzer 2100 (Agilent) TapeStation 4200 (Agilent) BioMark (Fluidigm) nCounter FLEX (Nanostring) Sistema GeneChip (Affymetrix) Sistema de análisis genético GeneTitan (Affymetrix) Robot de líquidos Biomek FX (Beckman) Plataforma de análisis de microarrays (Agilent) PyroMark Q24 (QIAGEN) Covaris S220 MiSeq (Illumina) NextSeq 2000 (Illumina)

Cuantificación de ácidos nucleicos por absorbancia (Nanodrop) o fluorimetría (Qubit) Análisis de calidad de ácidos nucleicos y obtención de datos RIN o DIN (Bioanalyzer 2100 y TapeStation 4200, Agilent) Análisis de expresión y genotipado por PCR de baja densidad en tiempo real (BioMark, Fluidigm) PCR digital (BioMark, Fluidigm) Cuantificación digital de ácidos nucleicos (nCounter, Nanostring) Análisis de expresión génica (GE) y variaciones en el número de copias (CNV) mediante microarrays (GeneChip System, Affymetrix) Análisis de expresión génica (GE) y genotipado (GWAS) de alta densidad (GeneTitan, Affymetrix) CGH-Arrays (Agilent) Fragmentación de ácidos nucleicos y cromatina (Covaris S220) Pirosecuenciación (PyroMark Q24, QIAGEN) Generación de librerías por NGS Secuenciación de nueva generación (MiSeq, Illumina)

Categorización

Dominios RIS3CAT y otros

Dominios RIS3CAT
Categorías de CERCA GINYS

GINYS-IDIBAPS-002

Procedimiento de acceso y tarifas

Abierto

Redes institucionales