Genómica traslacional

Secuenciador personal MiSeq® (Illumina): Dispositivo de secuenciación masiva que puede generar hasta 20 GB por ejecución y 20 millones de lecturas de 2 x 300 pb en un máximo de 384 muestras indexadas. Utiliza tecnología de secuenciación de síntesis (SBS) y consiste en amplificar, secuenciar y analizar datos en un instrumento con el software RTA v1.18.54.0 (Análisis en tiempo real), MCS v2.6.1.1 (Software de control MiSeq), MSR 2.6.2.3 (MiSeq Reporter) y almacenamiento de datos en la nube (BaseSpace). Analizadores genéticos ABI Prism 3130/3130xl (Applied Biosystems): Secuenciadores con 4-16 capilares por placa de 96 W o 383 W, cámara de detección CCD y láser de iones de argón multilínea con excitación primaria a 488 y 514,5 nm. Software de Adquisición, Recopilación de Datos v3.1 y Análisis de Secuenciación v5.4, GeneMapper v4.1 y SeqScape 2.7. 2200 TapeStation® (Agilent): Sistema automático de electroforesis que analiza ácidos nucleicos (fragmentos o librerías de ADN, ADN o ARN) o proteínas en un soporte capilar (ScreenTape) y escanea imágenes. Permite calcular el tamaño de los ácidos nucleicos (en pb) y las proteínas (kDa), así como la cuantificación y el análisis de calidad mediante el software GeneTools, con un sistema integrado de comparación de bandas simplificado. Los sistemas utilizan muestras muy pequeñas (1-2 µL) y las lecturas pueden realizarse en tubos individuales o placas de 96 W. qPCR LightCycler®480 en tiempo real (Roche Diagnostics): Para formatos de placa intercambiable de 96 W y 384 W. Lámpara de xenón, emisiones de 430-630 nm, filtros con excitación a 440, 465, 498, 533 y 618 nm y emisión a 488, 510, 580, 610, 640 y 660 nm que permiten la detección de los fluorocromos más comunes (FAM, NED, ROX, SYBR, TAMRA y VIC). Programa LightCycler® 480 para adquisición y análisis y software de diseño de sondas LightCycler® 2.0. 1. NextSeqTM-1000: Equipo de secuenciación masiva que puede generar hasta 120 Gb por uso y 400 millones de lecturas en 2 ciclos de 150 ciclos. El sistema utiliza la tecnología de secuenciación por síntesis de Illumina (SBS) y puede analizar los resultados localmente, por conexión remota y con el sistema de análisis secundario FPGA DRAGEN bio-IT Sistema MINIon (Oxford Nanopore): Dispositivo de secuenciación masiva basado en el uso de nanoporos suspendidos sobre una membrana que permite el paso de ácidos nucleicos (ADN y ARN). Las bases se identifican calculando los cambios de corriente eléctrica producidos en la membrana. Se generan lecturas muy largas (> 4 Mb) y hasta 50 Gb de datos en ejecuciones de 72 horas a 420 bases/segundo. Adecuado para genomas completos/exomas/metagenómica, secuenciación dirigida, transcriptoma completo (ADNc), transcriptoma pequeño (ADN directo) y estudios de metilación. Sistema QIAxcel avanzado Se trata de un sistema automatizado de electroforesis capilar que separa fragmentos de ADN y ARN en función del peso molecular (hasta 96 muestras por rollo). El software de análisis (BioCalculator™) puede generar electroferogramas e imágenes de gel y determinar: tamaño y concentración de fragmentos de ADN (15 pb a 15 kb); b) proporción, concentración y calidad del ARN total; c) calidad del ARNc/ADNc y del ARN/ADN fragmentado. La preparación de las muestras es sencilla, ya que los capilares contienen el bromuro de etidio necesario para visualizar los fragmentos. La amplificación se realiza en un termociclador convencional que admite una placa de 96 W mediante química EvaGreen o basada en sondas de hidrólisis. Los resultados de la amplificación se leen mediante un lector de gotas QX200. Puede analizar hasta 96 muestras y cuenta con un sistema de detección de fluorescencia óptica (fotón multipíxel) en los canales FAM (EvaGreen) y HEX (alternativamente VIC). El dispositivo tiene un rango de discriminación lineal de hasta 5 órdenes de magnitud y una precisión de ±10 %. Sistema PCR QX200™ Droplet Digital™: El sistema PCR QX200 Droplet Digital (ddPCR) es una combinación de tres dispositivos: El generador de gotas QX200 divide las muestras ((20 µl) en 200 gotas usando microfluídica y una emulsión de aceite. hasta un máximo de 8 muestras en 5 minutos. Estación robótica EpMotion 5070: Un sistema robótico de dispensación de líquidos con dos herramientas de uno y ocho canales que dispensan volúmenes entre 1 y 50 µl. Puede pipetear volúmenes de 1-2 µl con o sin contacto. Tiene una precisión de menos del 2% hp a 1 µL. Tiene un sensor óptico para detectar y calcular automáticamente el volumen de líquido, material de laboratorio y puntas. Es compatible con tubos (de 0,2 ml a 50 ml) y microplacas de hasta 384 pocillos.

Servicio de Análisis Genético. La plataforma genómica permite el estudio de la genética de organismos mediante diversas técnicas: Secuenciación profunda (NGS). Consiste en la preparación de bibliotecas y la posterior secuenciación profunda de alto rendimiento de la región de interés. La posibilidad de realizar múltiples lecturas permite detectar tipos clonales, células o microbios raros que representan solo el 1% de la muestra original. Las bibliotecas se desarrollan mediante diferentes enfoques, todos orientados a la obtención de fragmentos del tamaño adecuado, a los que se han adherido códigos de barras (identificadores en cada muestra) y los adaptadores para su lectura. Aplicaciones: Esta tecnología es aplicable a: ADN genómico (qué genoma, exoma) Fragmentos de ADN enriquecidos Genomas completos simples Perfiles metagenómicos (16 años u otros) ARN (transcriptómico, perfil de ARN) ARN pequeños / miARN Cromatina inmunoprecipitada (Chip-Seq.) Etc. La secuenciación se realiza en un secuenciador personal MiSeq® (Illumina), un NextSeq-1000 (Illumina) y un secuenciador MinION (Oxford Nanopore). Electroforesis capilar para secuenciación: Son el estándar de oro para el diagnóstico genético cuando se deben analizar regiones específicas del genoma. Permiten tanto la secuenciación de Sanger como el análisis de fragmentos de genes (genescan). Las aplicaciones más comunes son: secuenciación de ADN de novo; detección de mutaciones; estudios de discriminación de alelos (SNPS); análisis de perfiles de metilación de genes en islas CpG de ADN (MSP); análisis del número variable de copias de genes (CNV); análisis de microsatélites (STR, VNTR); PCR de unión y amplificación de sonda dependiente de ligando multiplex (MPLA). Esto se realiza mediante pruebas genéticas ABI 3130 y ABI 3130xl (Applied Biosystems). Electroforesis capilar para el análisis de la calidad de los ácidos nucleicos. Para estudiar la calidad de los ácidos nucleicos, disponemos de un bioanalizador TapeStation 2200 (Agilent) y un sistema QIAxcel Advanced (Izasa). Ambos son sistemas automatizados para el análisis cuantitativo y cualitativo de ácidos nucleicos mediante electroforesis capilar. Las aplicaciones que ofrece son: análisis de cantidad/calidad de ADN (incluyendo número de integridad del ADN (DIN), fragmentos de ADN (150-5.000 pb) y análisis de ARN en formato estándar o de alta sensibilidad (incluyendo número de integridad del ARN (RIN)). Amplificación de ácidos nucleicos PCR en tiempo real, basada en el seguimiento de la fluorescencia emitida durante la reacción de amplificación en cada ciclo de forma simultánea en todas las muestras. Permite la determinación de cantidades de ADN, ARN o MiRNAs presentes en la muestra original (qPCR) o la identificación cualitativa de ADN específico (genotipado). Las principales aplicaciones son: cuantificación absoluta/relativa de perfiles de expresión génica diferencial; estudios de discriminación de alelos (SNPS); análisis de perfiles de metilación génica en islas CpG de ADN (MSP); análisis de número variable de copias de genes en ADN genómico o viral (CNVs), cuantificación de dosis génica (QF-PCR para detectar aneuploidías); High Resolution Melting (HRM) para escaneo génico. Digital Droplet PCR (ddPCR) es una tecnología que fragmenta cada muestra en más de 20.000 gotas envueltas individualmente en una capa de aceite, dentro de las cuales tiene lugar la reacción de la polimerasa. Puede realizarse alternando con sondas marcadas de doble cadena o fluorescentes y proporciona una cuantificación absoluta y ultrasensible de ácidos nucleicos. Es especialmente útil para cuantificar fragmentos génicos de baja abundancia, variantes alélicas (SNP), virus y bacterias subrepresentadas en la mezcla heterogénea. Etc. Servicios complementarios Cuantificación fluorométrica con un fluorómetro Quantus™ (Promega). Un fluorómetro de dos canales optimizado para medir ácidos nucleicos (ARN y ADN) antes y después de la generación de bibliotecas de secuenciación Dispensación robótica de líquidos utilizando una estación EpMotion 5070 (Eppendorf). Esto puede preparar diluciones seriadas, ensayos de PCR, transferir muestras de tubos a placas (96 w y 384 w), reformateo de placas, etc. También hay servicios de consultoría sobre diseño experimental, preparación de muestras y análisis de resultados e interpretación global de datos.

GINYS-IGTP-001

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