Tecnologia GENÒMICA Avançada

L'FGCF ofereix serveis interns d'expressió i anàlisi de mutacions de tot el genoma a investigadors d'instituts públics i empreses privades. Estem ubicats a la sala S1C14 de l'edifici 'Clúster I' del Parc Científic de Barcelona. Si esteu interessats en una solució personalitzada que no s'inclou a continuació, poseu-vos en contacte amb nosaltres a genomics@irbbarcelona.org. Esperem conèixer els vostres projectes i treballar colze a colze amb vosaltres per superar qualsevol repte experimental. Disseny i assessorament experimental: Parleu del vostre projecte amb nosaltres i rebeu informació sobre els requisits de les mostres i recomanacions per al vostre disseny experimental. Aquesta cita és opcional però molt recomanable. Control de qualitat dels àcids nucleics, biblioteques i cèl·lules extretes: totes les vostres mostres seran sotmeses a control de qualitat abans del processament, garantint així les biblioteques NGS de la més alta qualitat. Utilitzem instruments Nanodrop, Qubit, Bioanalyzer i Countess per determinar la concentració, la qualitat de la mostra i la viabilitat cel·lular. Extracció i purificació d'àcids nucleics: Havent donat suport a milers de projectes diferents, som conscients dels molts reptes associats a la recollida de mostres d'ADN i ARN d'alta qualitat. El nostre conjunt d'eines inclou mètodes rendibles i altament eficients per a l'extracció d'ARN i l'amplificació d'ADNc a partir de 100 cèl·lules o fins i tot d'un sol oòcit. Transcriptòmica i multiòmica unicel·lular: a l'abril de 2021, les nostres instal·lacions van desplegar amb èxit totes les capacitats d'una cèl·lula 10X Genomics. En aquest sentit, oferim: Anàlisi de l'expressió gènica unicel·lular. ATAC-seq monocel·lular. Mutioma monocel·lular (secRNA-seq + ATAC-seq simultània). Perfil immunitari unicel·lular. Expressió gènica dirigida. El controlador 10X Genomics Chromium pot capturar de 100 a 10.000 cèl·lules per mostra i processar fins a vuit mostres simultànies. Abans de llançar el vostre projecte, podeu proporcionar-nos les vostres suspensions unicel·lulars. En només 10 minuts, obtindreu un control de qualitat cel·lular que us informarà del vostre flux de treball de processament cel·lular i/o dissociació de teixits. El nostre equip us ajudarà amb tots els passos necessaris per millorar la preparació de la mostra, obtenir un pressupost de servei i programar una cita per a la presentació de la mostra. Preparació de biblioteques per a la seqüenciació de nova generació (NGS) d'Illumina: utilitzem procediments totalment validats i acceptats per la comunitat per a la preparació de biblioteques, garantint resultats consistents i fiables. Tanmateix, sempre que sigui necessari, alinearem els nostres procediments operatius amb les necessitats específiques del vostre projecte. Seqüenciació d'ARNm, ARNnc, miARN i ARNs (RNA-seq): el perfil del transcriptoma complet mitjançant tecnologies NGS proporciona una lectura completa de l'abundància de transcrits, la diversitat d'isoformes, així com el descobriment de nous transcrits i gens de fusió. El nostre personal experimentat us ajudarà amb els requisits de la mostra, els fluxos de treball i les estratègies de seqüenciació per assolir els objectius del vostre projecte. Seqüenciació del genoma complet (WGS): la seqüenciació del genoma complet d'un individu permet la identificació de variants d'ADN somàtiques o germinals. ChIP-seq i RIP-seq: aquests enfocaments combinen la immunoprecipitació de cromatina (ChIP) o ARN (RIP) amb NGS per identificar llocs d'unió proteïna-ADN o proteïna-ARN a tot el genoma. En els darrers anys, el FGCF ha donat suport a desenes de projectes ChIP-seq i RIP-seq. Us ajudarem amb els procediments d'enllaç, extracció i fragmentació per garantir que s'obtinguin biblioteques de la màxima qualitat. Hi-C: L'FGCF ha implementat un flux de treball per capturar i seqüenciar la conformació cromosòmica que permet als investigadors cartografiar l'organització espacial de l'ADN genòmic dins dels nuclis cel·lulars i identificar interaccions conformacionals entre regions no adjacents. ATAC-seq: en aquest cas, l'accessibilitat de la cromatina a tot el genoma s'interroga mitjançant l'accessibilitat de la transposasa per descobrir l'extensió i la identitat de les regions propenses a interactuar amb factors de transcripció en el càncer i altres patologies. Seqüenciació dirigida: Tot i que els experiments WGS poden ser la vostra opció preferida, els seus costos encara poden ser prohibitius. Els enfocaments orientats centren el rendiment, i per tant el cost, en subconjunts definits de regions genòmiques, permetent així majors profunditats de seqüenciació per a la detecció segura de variants a preus més baixos. Seqüenciació d'amplicons: l'amplificació per PCR de regions d'interès específiques redueix l'espai genòmic objectiu. Hi ha diversos mètodes disponibles per a un disseny de panell complet i precís, que us permeten multiplexar centenars o milers d'amplicons en una sola reacció. No dubteu a contactar amb nosaltres per a un disseny i pressupost personalitzats. Captura de dianes, o captura i enriquiment de seqüències: aquesta estratègia alternativa redueix l'espai genòmic seqüenciat "capturant" regions d'interès amb sondes biotinilades personalitzades. La seqüenciació de l'exoma complet és l'aplicació de captura de dianes més estesa. El nostre personal té una àmplia experiència en el disseny de sondes per a la captura de dianes i estarà encantat d'ajudar-vos amb el vostre projecte. Picoperfilat: aquesta tècnica, pionera per l'FGCF, facilita la generació de grans quantitats de cDNA saturat a partir de poblacions cel·lulars molt petites. El nostre equip té experiència aïllant ARN i amplificant cDNA de tan sols 40 cèl·lules classificades com a organoides tumorals de ratolí (MTO) o d'un sol oòcit. Microarrays: mostra de resultats de l'anàlisi de l'expressió gènica de tot el genoma per a una àmplia varietat d'organismes experimentals utilitzant matrius Genechip. Metilació de l'ADN: l'anàlisi de múltiples loci per a la metilació de l'ADN encara es realitza en una fase experimental. Per a projectes específics sobre metilació de l'ADN, poseu-vos en contacte amb nosaltres. qPCR: hi ha un QuantStudio 6 Pro disponible per a la reserva. Les sortides han de començar dins de l'horari laboral de les instal·lacions. Col·leccions de clons: El FGCF té gairebé 200.000 clons per a les vostres necessitats de genètica inversa, incloent-hi: shRNA humà i de ratolí: la llista completa de clons de shRNA està disponible en aquest fitxer zip. Podeu trobar informació detallada sobre els clons de TRC1 al lloc web de la biblioteca de shRNA de Sigma MISSION i al RNAi Consortium (TRC) basat en el Broad Institute. Clons d'ORF humans: la llista de clons d'ORF està disponible en aquest fitxer zip. Les seqüències de la majoria dels clons d'aquesta col·lecció (edició v1.1) es poden recuperar de la base de dades hORFeome v7.1 del Harvard Center for Cancer Systems Biology.

GINYS-IRB-006

Obre