UAT – Genòmica

La plataforma de genòmica ofereix a la comunitat investigadora diferents tecnologies per dur a terme estudis quantitatius i qualitatius d'àcids nucleics.   Recursos i informació addicional  La Unitat d'Alta Tecnologia (UAT) és la instal·lació preclínica central del VHIR que ofereix als investigadors equipament d'última generació i assessorament tècnic especialitzat, oferint diferents serveis dins de les seves cinc Plataformes (Genòmica, Citometria, Diagnòstic Molecular, Metabolòmica i Microscòpia): Aquesta plataforma té com a objectiu oferir a la comunitat científica serveis i protocols relacionats amb la genòmica funcional, principalment dedicats al perfil d'expressió gènica mitjançant microarrays: Aquesta plataforma es complementa amb els serveis de la nostra plataforma de genòmica, tant per a l'anàlisi quantitativa i qualitativa d'àcids nucleics com per a la validació dels resultats obtinguts per qPCR.

Contacte principal

Contactes institucionals / Cap de plataformes

MR

Marta Rosal FontanaPreclinical Core Facilities Coordinator
Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR)

Dades provisionals

Rosario M Prieto Sánchez -

Rosario M Prieto Sánchez -

Albert Barberà Lluis (Director del Hub de Teràpies Avançades i Plataformes Tecnològiques) |   albert.barbera@vhir.org  

Centres CERCA

Propietaris

Llista Centres CERCA

Equipament i Serveis

PCR en temps real: 7000 SDS (bloc de 96p) i 7900HT amb mòdul Fast (bloc de 384p i targetes microfluídiques) (Applied Biosystems) LightCycler480 (blocs de 96p i 384p) (Roche) Bioanalyzer 2100 (Agilent). Sistema d'electroforesi basat en xips microfluídics (separació, dimensionament i quantificació automàtica de fragments d'àcid nucleic). Xip DNA1000. Nano i Pico RNA Chip. Processament de qualsevol altre tipus de xip proporcionat pels usuaris. Seqüenciació capil·lar, en diferents formats (tubs i plaques) i condicions. Encebadors universals gratuïts sota demanda. (*) Autenticació de la línia cel·lular humana. (*) (*) Serveis prestats mitjançant acords amb proveïdors externs.

1) PCR en temps real (qPCR), amb les aplicacions següents: Expressió gènica i perfil transcripcional (quantificació absoluta i relativa) Anàlisi de miRNA (creació de perfils, quantificació) i estudis d'expressió d'ARN no codificant (nRNA) Anàlisi de la variació genètica: detecció de SNP, CNV, genotipificació d'enzims relacionats amb el metabolisme de fàrmacs (DME) HRM (High Resolution Melt), per a la detecció de variacions genètiques A més de l'ús d'equips d'autoservei (formació prèvia dels usuaris), s'ofereix suport en el disseny experimental i l'anàlisi de resultats. També es poden realitzar experiments d'expressió "personalitzats", incloent-hi l'extracció d'ARN, la tècnica experimental i l'anàlisi de dades, prèvia consulta amb el personal de la UAT. 2) Quantificació i control de qualitat d'àcids nucleics mitjançant electroforesi en xip (Bioanalyzer): anàlisi de la qualitat de l'ARN (RIN) i quantificació Separació, determinació de la mida i quantificació de fragments d'ADN 3) Quantificació d'àcids nucleics mitjançant tècniques fluorimètriques (Picogreen ®, Ribogreen ®). Aquest mètode de quantificació és el més sensible i específic, especialment recomanat quan es requereix una quantificació molt precisa (per exemple, per generar biblioteques per a NGS), o quan la concentració és molt baixa (fins a 25 pg/mL de dsDNA; fins a 1 ng/ml d'ARN). 4) Seqüenciació per electroforesi capil·lar, amb les següents aplicacions: Seqüenciació de novo, reseqüenciació de detecció de SNP, mutacions i anàlisi de CNV Confirmació de construccions obtingudes per clonació Anàlisi de microsatèl·lits Discriminació al·lèlica 5) Autenticació de línies cel·lulars humanes És un requisit cada cop més demandat per moltes revistes científiques. Es basa en l'anàlisi de STR (marcadors de 9 polimorfismes + amelogenina, que donen lloc a un perfil únic per a cada línia cel·lular), segons les recomanacions de l'ATCC. Les seves aplicacions són: Verificació de la identitat de les línies cel·lulars humanes establertes. Detecció de contaminació amb altres línies cel·lulars, de la mateixa espècie o d'una altra espècie. Establiment del perfil de noves línies cel·lulars (perfil STR únic).

Categorització

Dominis RIS3CAT

Dominis RIS3CAT
CERCA GINYS Categories

GINYS-VHIR-003

Procediment d'accés i tarifes

Xarxes institucionals