UEB – Bioestadística

La Unitat d'Estadística i Bioinformàtica (UEB) es va crear l'any 2008 amb l'objectiu de promoure l'ús i el desenvolupament de recursos estadístics i bioinformàtics moderns sobre la recerca que es duu a terme en el seu entorn. Actualment, la Unitat d'Estadística i Bioinformàtica inclou l'antiga Unitat de Suport a la Metodologia de la Recerca Biomèdica (USMIB) i, dins de l'Àrea de Suport Científic i Tècnic de l'Institut de Recerca Vall d'Hebron, té la missió d'oferir assessorament, serveis i formació per a la recerca clínica i biomèdica. Els principals objectius de la UEB són:

  • Proporcionar suport estadístic, metodològic i bioinformàtic a la recerca clínica i biomèdica, principalment al nostre centre però també a la resta de la comunitat.

  • Contribuir a la formació en estadística i bioinformàtica per a la recerca clínica i biomèdica, mitjançant la realització de cursos propis i la participació en la formació formal de l'àrea del VHIR.

  • Dur a terme activitats d'innovació i desenvolupament en l'àmbit de l'estadística i la bioinformàtica, especialment en tot allò que pugui conduir a una millora dels procediments i serveis prestats per la Unitat.

Contactes institucionals / Cap de plataformes

MR

Marta Rosal FontanaPreclinical Core Facilities Coordinator
Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR)

Dades provisionals

Alex Sánchez Pla |  alex.sanchez@vhir.org  | 934 894 000 ext2691 |  ORCID 

Àlex SAlex Sánchez Pla |  alex.sanchez@vhir.org  | 934 894 000 ext2691 |  ORCID 

Albert Barberà Lluis (Director del Hub de Teràpies Avançades i Plataformes Tecnològiques) |   albert.barbera@vhir.org  

Centres CERCA

Propietaris

Llista Centres CERCA

Equipament i Serveis

La UEB disposa del maquinari i programari adequats per dur a terme les seves tasques: Estacions de treball HP amb dos/quatre processadors (quad* core) i 8/16 GiB de RAM executant-se sobre GNU/Linux Servidor i clúster d'alta capacitat per a processos que requereixen càlcul intensiu Node principal amb 64 ​​GiB de RAM Diversos nodes secundaris per a càlcul paral·lel Servidor web per fer accessibles els resultats dels estudis i les eines d'anàlisi desenvolupades per la UEB Eines estadístiques i bioinformàtiques: Programari estadístic: R, Stata, SAS, PASS Eines d'anàlisi de dades: programari lliure/de codi obert (Bioconductor, GenePattern, Qiime, DAVID…) o propietari (Ingenuity Pathways, CLC Genomics Workbench) Eines de desenvolupament: MySQL, PHP, Perl, Python, Java

Assessorament estadístic i metodològic en recerca clínica i dades d'alt rendiment Assessorament en el desenvolupament del protocol del projecte de recerca Estudi de disseny Càlcul de la mida de la mostra Definició de variables Protocols i formularis de recollida de dades Format i gestió de dades per a estudis de dades d'alt rendiment Anàlisi de dades d'estudis de recerca clínica Execució i anàlisi de dades Disseny de bases de dades Validació de procediments de mesura Disseny d'anàlisi estadística Anàlisi bàsica de dades descriptives univariants / bivariants Anàlisi de correlació i modelització estadística Anàlisi de dades d'alt rendiment Anàlisi de dades de microarrays Anàlisi de dades RTqPCR (targetes microfluídiques). Anàlisi de variants d'exomes Estudis metagenòmics / metabarcodificació Anàlisi de dades de RNA-seq Altres estudis NGS – Anàlisi de dades de metilació – Seqüenciació “de novo”. Anàlisi avançada de dades Anàlisi integrativa de dades òmiques Selecció i validació de biomarcadors Comunicació de resultats científics Generació de taules i gràfics Redacció de mètodes d'anàlisi Interpretació de resultats Revisió estadística de publicacions o presentacions Respondre als comentaris dels revisors Desenvolupament i manteniment d'aplicacions bioinformàtiques Bases de dades locals o en línia específiques Aplicacions i interfícies d'usuari a mida Instal·lació i manteniment d'aplicacions bioinformàtiques Reserva de recursos (programari i maquinari) per a l'anàlisi de “big data”. Activitats de formació general o específica Cursos sobre temes generals (estadística, bioinformàtica) o específics (base de dades d'anàlisi d'expressió gènica, anàlisi de supervivència) Participació en programes de formació formal en l'entorn del VHIR o del VH

Categorització

Dominis RIS3CAT

Dominis RIS3CAT
CERCA GINYS Categories

GINYS-VHIR-010

Procediment d'accés i tarifes

Procediment d'accés obert

Xarxes institucionals