Espectrometría de masas y proteómica

Orbitrap Eclipse (Thermo Scientific) (NUEVO 2021). La capacidad de las instalaciones se vio significativamente reforzada con la adquisición de un espectrómetro de masas tríbrido de nueva generación que incluye un cuadrupolo, una trampa de iones lineal y un analizador de masas Orbitrap. Este instrumento permite el uso de múltiples técnicas de fragmentación (CID, HCD y ETD) durante cualquier etapa de la MSn, con posterior análisis de masas en la trampa de iones o en el analizador de masas Orbitrap. El instrumento aprovecha la combinación de una fuente de iones más brillante que los instrumentos Orbitrap anteriores, con un tubo de transferencia de mayor capacidad y un embudo de iones electrodinámico para una mayor sensibilidad. Incorpora una guía de haz de iones activo avanzada para una mayor robustez, un cuadrupolo segmentado y un rendimiento mejorado de transmisión de iones y ETD. La tecnología de vacío avanzada permite ajustar el vacío en la celda IRM para mejorar la transmisión de iones y la relación señal/ruido (S/N) de las proteínas intactas, así como su fragmentación. Este instrumento se utiliza en las aplicaciones más exigentes de la proteómica, tanto en enfoques descendentes como ascendentes. Se utiliza acoplado a dos sistemas nanoLC según el enfoque de MS: un sistema nanoLC Dionex Ultimate 3000 (Thermo) o un NanoAcquity UPLC de Waters. En ambos casos se utiliza una interfaz nanoESI basada en chip (Advion Triversa Nanomate). Evosep One (Novedad 2021) El cromatógrafo Evosep One, que utilizamos acoplado al Orbitrap Eclipse, está diseñado para poder trabajar con cromatografías rápidas y, por lo tanto, proporciona un análisis robusto y de alto rendimiento real, siendo ideal para aplicaciones proteómicas clínicas. Este nanoLC utiliza Evotips como columnas trampa desechables, donde las muestras se cargan y desalinizan fuera de línea. El muestreador automático recoge la punta e integra la elución con la cromatografía líquida. Esto elimina los pasos de manipulación de muestras y reduce los gastos generales del ciclo de inyección. Se garantiza un desgaste mínimo de los componentes mecánicos, ya que toda la elución y la formación de gradientes ocurren a baja presión. El Evotip se deja para desechar después de cada ejecución, lo que permite una elución parcial para extender la vida útil de la columna. Los péptidos de importancia analítica se retienen eficazmente y se reduce la contaminación cruzada. El sistema Evosep facilita el análisis LC-MS/MS de un gran número de muestras para realizar eficientemente el análisis de cohortes de muestras en aplicaciones clínicas y traslacionales. Orbitrap Fusion Lumos (Thermo Scientific) (2016). La capacidad de las instalaciones se vio significativamente reforzada con la adquisición en 2016 de este espectrómetro de masas tríbrido que incluye un cuadrupolo, una trampa de iones lineal y un analizador de masas Orbitrap. Este instrumento permite múltiples técnicas de fragmentación (CID, HCD y ETD) durante cualquier etapa de la MSn, con posterior análisis de masas en la trampa de iones o en el analizador de masas Orbitrap. El instrumento aprovecha la combinación de una fuente de iones más brillante que los instrumentos Orbitrap anteriores, con un tubo de transferencia de mayor capacidad y un embudo de iones electrodinámico para una mayor sensibilidad. Incorpora una guía de haz de iones activa avanzada para una mayor robustez, un cuadrupolo segmentado y un rendimiento mejorado de transmisión de iones y ETD. La tecnología avanzada de vacío permite ajustar el vacío en la celda IRM para mejorar la transmisión iónica y la relación señal/ruido (S/N) de proteínas intactas, así como su fragmentación. Este instrumento se utiliza en las aplicaciones más exigentes de la proteómica, tanto en enfoques descendentes como ascendentes. Se utiliza acoplado a dos sistemas nanoLC, según el enfoque de MS: un sistema nanoLC Dionex Ultimate 3000 (Thermo) o un NanoAcquity UPLC de Waters. En ambos casos se utiliza una interfaz nanoESI basada en chip (Advion Triversa Nanomate). Sistema de MS de alta definición Synapt (Waters-Micromass). Sistema de MS de alta definición Synapt (Waters-Micromass) (2007). Instrumento híbrido QTOF con celda Triwave incorporada. Este instrumento permite combinar la MS en tándem con la movilidad iónica, lo que permite el análisis de muestras diferenciadas no solo por su relación masa/carga, sino también por su forma y tamaño. El instrumento se utiliza para analizar la estructura macromolecular y la conformación de proteínas intactas, así como para estudiar interacciones no covalentes. En su configuración normal, el instrumento está conectado a una interfaz nanoESI basada en chip (Advion Triversa Nanomate). Premier XE LCT-Premier XE (Waters-Micromass) (2007). Espectrómetro de masas de aceleración ortogonal por tiempo de vuelo, ideal para el análisis de compuestos de alto peso molecular. Este instrumento se ha modificado para lograr condiciones inertes dentro de la fuente de ionización, lo que permite realizar experimentos de intercambio de amida H/D para el estudio de las propiedades dinámicas y estructurales de las proteínas y sus complejos. En la configuración estándar funciona acoplado a un dispositivo LC (UPLC Acquity, Waters), p. ej. análisis de proteínas grandes (mAbs). Dispositivos complementarios La instalación está equipada con los siguientes dispositivos complementarios, además de los sistemas cromatográficos ya mencionados: Un sistema Gelfree (electroforesis de atrapamiento de fracciones líquidas eluidas en gel) para separación de proteínas: Sistema de fraccionamiento Gelfree 8100 (Protein Discovery Inc.) (2010)

Los servicios ofrecidos incluyen análisis MS, MS/MS y MSn mediante técnicas de ionización a presión atmosférica (electrospray y nanoelectrospray) acopladas a LC, nanoLC o entradas de infusión. El centro cuenta con las siguientes líneas de especialización: Análisis de proteínas y péptidos. Identificación/caracterización. Análisis de proteínas intactas. Proteómica de alto rendimiento, análisis PTM. Proteómica ascendente. Proteómica descendente, proteómica descendente media. Análisis de mAb (ADC). Proteómica cuantitativa. Análisis de expresión diferencial de proteínas. Estrategias sin etiqueta (DDA, DIA). Estrategias de multiplexación (iTRAQ, TMT SPS MS3, SILAC). Análisis dirigido (PRM). Proteómica estructural. MS nativa, IM-MS, interacciones no covalentes. HDX-MS, MS de entrecruzamiento, MS de proteólisis limitada. MS de afinidad (SAW-MS). Análisis de moléculas pequeñas. Caracterización (en productos finales, masa exacta y MS/MS).

GINYS-IRB-004

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