Tecnología GENÓMICA Avanzada

La FGCF ofrece servicios internos de expresión y análisis de mutaciones genómicas a investigadores de institutos públicos y empresas privadas. Nos encontramos en la sala S1C14 del edificio "Cluster I" del Parc Científic de Barcelona. Si le interesa una solución personalizada que no se incluye a continuación, póngase en contacto con nosotros en genomics@irbbarcelona.org. Nos encantará conocer sus proyectos y trabajar codo con codo con usted para superar cualquier reto experimental. Diseño y asesoramiento experimental: Hable con nosotros sobre su proyecto y reciba información sobre los requisitos de las muestras y recomendaciones para su diseño experimental. Esta cita es opcional, pero muy recomendable. Control de calidad de los ácidos nucleicos, las bibliotecas y las células extraídas: todas sus muestras se someterán a un control de calidad antes del procesamiento, garantizando así la máxima calidad de las bibliotecas NGS. Utilizamos instrumentos Nanodrop, Qubit, Bioanalyzer y Countess para determinar la concentración, la calidad de la muestra y la viabilidad celular. Extracción y purificación de ácidos nucleicos: Tras haber apoyado miles de proyectos diferentes, somos conscientes de los numerosos retos asociados a la obtención de muestras de ADN y ARN de alta calidad. Nuestro conjunto de herramientas incluye métodos rentables y altamente eficientes para la extracción de ARN y la amplificación de ADNc a partir de 100 células o incluso de un solo ovocito. Transcriptómica y multiómica unicelular: En abril de 2021, nuestras instalaciones implementaron con éxito todas las capacidades de una célula 10X Genomics. En este sentido, ofrecemos: Análisis de la expresión génica unicelular. ATAC-seq monocelular. Mutioma monocelular (secRNA-seq + ATAC-secuencia simultánea). Perfil inmunitario unicelular. Expresión génica dirigida. El controlador Chromium de 10X Genomics puede capturar de 100 a 10 000 células por muestra y procesar hasta ocho muestras simultáneas. Antes de iniciar su proyecto, puede proporcionarnos sus suspensiones unicelulares. En tan solo 10 minutos, recibirá un control de calidad celular que le informará sobre su flujo de trabajo de procesamiento celular y/o disociación tisular. Nuestro equipo le ayudará con todos los pasos necesarios para mejorar la preparación de la muestra, obtener un presupuesto de servicio y programar una cita para la presentación de la muestra. Preparación de bibliotecas para la secuenciación de próxima generación (NGS) de Illumina: Utilizamos procedimientos totalmente validados y aceptados por la comunidad para la preparación de bibliotecas, lo que garantiza resultados consistentes y fiables. Sin embargo, siempre que sea necesario, alinearemos nuestros procedimientos operativos con las necesidades específicas de su proyecto. Secuenciación de ARNm, ARNlnc, miARN y ARNsp (ARN-seq): el perfil transcriptómico completo mediante tecnologías NGS proporciona una lectura completa de la abundancia de transcripciones, la diversidad de isoformas, así como el descubrimiento de nuevas transcripciones y genes de fusión. Nuestro personal experimentado le ayudará con los requisitos de la muestra, los flujos de trabajo y las estrategias de secuenciación para alcanzar los objetivos de su proyecto. Secuenciación del genoma completo (WGS): La secuenciación del genoma completo de un individuo permite la identificación de variantes de ADN somático o germinal. ChIP-seq y RIP-seq: Estos enfoques combinan la inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) o ARN (RIP) con NGS para identificar sitios de unión proteína-ADN o proteína-ARN en todo el genoma. En los últimos años, el FGCF ha apoyado docenas de proyectos de ChIP-seq y RIP-seq. Le ayudaremos con los procedimientos de enlace, extracción y fragmentación para garantizar que se obtengan bibliotecas de la más alta calidad. Hi-C: El FGCF ha implementado un flujo de trabajo para capturar y secuenciar la conformación cromosómica que permite a los investigadores mapear la organización espacial del ADN genómico dentro de los núcleos celulares e identificar interacciones conformacionales entre regiones no adyacentes. ATAC-seq: en este caso, la accesibilidad de la cromatina en todo el genoma se interroga a través de la accesibilidad de la transposasa para descubrir la extensión e identidad de las regiones propensas a interactuar con factores de transcripción en el cáncer y otras patologías. Secuenciación dirigida: Si bien los experimentos WGS pueden ser su opción preferida, sus costos aún pueden ser prohibitivos. Los enfoques orientados centran el rendimiento, y por lo tanto el coste, en subconjuntos definidos de regiones genómicas, lo que permite una mayor profundidad de secuenciación para la detección segura de variantes a precios más bajos. Secuenciación de amplicones: La amplificación por PCR de regiones de interés específicas reduce el espacio genómico diana. Existen varios métodos disponibles para un diseño de panel completo y preciso, lo que permite multiplexar cientos o miles de amplicones en una sola reacción. No dude en contactarnos para obtener un diseño y presupuesto personalizados. Captura de diana, o captura y enriquecimiento de secuencias: Esta estrategia alternativa reduce el espacio genómico secuenciado al "capturar" regiones de interés con sondas biotiniladas personalizadas. La secuenciación completa del exoma es la aplicación más extendida de captura de diana. Nuestro personal cuenta con amplia experiencia en el diseño de sondas para captura de diana y estará encantado de ayudarle con su proyecto. Perfilado de picos: Esta técnica, pionera en la FGCF, facilita la generación de grandes cantidades de ADNc saturado a partir de poblaciones celulares muy pequeñas. Nuestro equipo cuenta con experiencia en el aislamiento de ARN y la amplificación de ADNc a partir de tan solo 40 células clasificadas como organoides tumorales de ratón (MTO) o de un único oocito. Microarrays: muestra de resultados del análisis de la expresión génica del genoma completo para una amplia variedad de organismos experimentales utilizando matrices Genechip. Metilación del ADN: el análisis de múltiples loci para la metilación del ADN aún se realiza en fase experimental. Para proyectos específicos sobre metilación del ADN, póngase en contacto con nosotros. qPCR: está disponible para reservar un QuantStudio 6 Pro. Las salidas deben comenzar dentro del horario laboral de las instalaciones. Colecciones de clones: el FGCF cuenta con cerca de 200.000 clones para sus necesidades de genética inversa, incluyendo: shRNA humano y de ratón: la lista completa de clones de shRNA está disponible en este archivo zip. Puede encontrar información detallada sobre los clones TRC1 en el sitio web de la biblioteca de shRNA Sigma MISSION y en el Consorcio de ARNi (TRC) del Instituto Broad. Clones humanos de ORF: La lista de clones de ORF está disponible en este archivo zip. Las secuencias de la mayoría de los clones de esta colección (edición v1.1) pueden obtenerse de la base de datos hORFeome v7.1 del Centro de Biología de Sistemas del Cáncer de Harvard.

GINYS-IRB-006

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