UAT – Genómica
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Centros CERCA
Barcelona, Spain
2002
Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR)
Propietarios
Equipos y Servicios
PCR en tiempo real: 7000 SDS (bloque de 96p) y 7900HT con módulo Fast (bloque de 384p y tarjetas microfluídicas) (Applied Biosystems), LightCycler480 (bloques de 96p y 384p) (Roche), Bioanalyzer 2100 (Agilent). Sistema de electroforesis basado en chips microfluídicos (separación, dimensionamiento y cuantificación automática de fragmentos de ácidos nucleicos). Chip DNA1000, chip de ARN nano y pico. Procesamiento de cualquier otro tipo de chip proporcionado por el usuario. Secuenciación capilar en diferentes formatos (tubos y placas) y condiciones. Primers universales gratuitos bajo demanda. (*) Autenticación de la línea celular humana. (*) (*) Servicios prestados mediante acuerdos con proveedores externos.
1) PCR en tiempo real (qPCR), con las siguientes aplicaciones: Expresión génica y perfil transcripcional (cuantificación absoluta y relativa) Análisis de miRNA (perfilado, cuantificación) y estudios de expresión de RNA no codificante (nRNA) Análisis de variación genética: detección de SNPs, CNV, genotipado de enzimas relacionadas con el metabolismo de fármacos (DME) HRM (High Resolution Melt), para la detección de variaciones genéticas Además del uso de equipos de autoservicio (previa capacitación de los usuarios), se ofrece soporte en el diseño experimental y análisis de resultados. También se pueden realizar experimentos de expresión “a medida”, que incluyen extracción de ARN, técnica experimental y análisis de datos, previa consulta con personal de la UAT. 2) Cuantificación y control de calidad de ácidos nucleicos mediante electroforesis en chip (Bioanalyzer): Análisis de calidad de ARN (RIN) y cuantificación Separación, determinación de tamaño y cuantificación de fragmentos de ADN 3) Cuantificación de ácidos nucleicos mediante técnicas fluorimétricas (Picogreen ®, Ribogreen ®). Este método de cuantificación es el más sensible y específico, especialmente recomendado cuando se requiere una cuantificación muy precisa (p.ej. para generar librerías para NGS), o cuando la concentración es muy baja (hasta 25 pg/mL de dsDNA; hasta 1 ng/ml de ARN). 4)Secuenciación por electroforesis capilar, con las siguientes aplicaciones: Secuenciación de novo, resecuenciación Detección de SNP, mutaciones y análisis de CNV Confirmación de construcciones obtenidas por clonación Análisis de microsatélites Discriminación alélica 5) Autenticación de líneas celulares humanas Es un requisito cada vez más demandado por muchas revistas científicas. Se basa en el análisis de STRs (9 marcadores de polimorfismo + amelogenina, que dan lugar a un perfil único para cada línea celular), según recomendaciones de la ATCC. Sus aplicaciones son: Verificación de la identidad de líneas celulares humanas establecidas. Detección de contaminación con otras líneas celulares, de la misma especie o de otra especie. Establecimiento del perfil de nuevas líneas celulares (perfil STR único).
Categorización
Dominios RIS3CAT y otros
GINYS-VHIR-003
Procedimiento de acceso y tarifas
Calidad Institucional
Redes institucionales
